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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bvr | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of rat SLC22A6 in the apo state | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / transporter | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Organic anion transport / renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / alpha-ketoglutarate transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport ...Organic anion transport / renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / alpha-ketoglutarate transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / monoatomic anion transport / antiporter activity / chloride ion binding / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / basal plasma membrane / caveola / response to organic cyclic compound / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Parker, J.L. / Kato, T. / Newstead, S. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Molecular basis for selective uptake and elimination of organic anions in the kidney by OAT1. 著者: Joanne L Parker / Takafumi Kato / Gabriel Kuteyi / Oleg Sitsel / Simon Newstead / 要旨: In mammals, the kidney plays an essential role in maintaining blood homeostasis through the selective uptake, retention or elimination of toxins, drugs and metabolites. Organic anion transporters ...In mammals, the kidney plays an essential role in maintaining blood homeostasis through the selective uptake, retention or elimination of toxins, drugs and metabolites. Organic anion transporters (OATs) are responsible for the recognition of metabolites and toxins in the nephron and their eventual urinary excretion. Inhibition of OATs is used therapeutically to improve drug efficacy and reduce nephrotoxicity. The founding member of the renal organic anion transporter family, OAT1 (also known as SLC22A6), uses the export of α-ketoglutarate (α-KG), a key intermediate in the Krebs cycle, to drive selective transport and is allosterically regulated by intracellular chloride. However, the mechanisms linking metabolite cycling, drug transport and intracellular chloride remain obscure. Here, we present cryogenic-electron microscopy structures of OAT1 bound to α-KG, the antiviral tenofovir and clinical inhibitor probenecid, used in the treatment of Gout. Complementary in vivo cellular assays explain the molecular basis for α-KG driven drug elimination and the allosteric regulation of organic anion transport in the kidney by chloride. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bvr.cif.gz | 141.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bvr.ent.gz | 90.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bvr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bvr_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bvr_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bvr_validation.xml.gz | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bvr_validation.cif.gz | 50.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16269MC 8bvsC 8bvtC 8bw7C 8omuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60553.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slc22a6, Oat1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O35956 | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 16079.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 458380 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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