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- PDB-8btg: Cryo-EM structure of the bacterial replication origin opening bas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8btg
タイトルCryo-EM structure of the bacterial replication origin opening basal unwinding system
要素
  • Chromosomal replication initiator protein DnaA
  • DNA (41-MER)
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*C)-3')
キーワードREPLICATION / DnaA / cryo-EM / BUS complex / replication initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DnaA N-terminal domain / DnaA N-terminal domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like ...DnaA N-terminal domain / DnaA N-terminal domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / Trp repressor/replication initiator / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Chromosomal replication initiator protein DnaA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
DNA molecule (その他)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pelliciari, S. / Bodet-Lefevre, S. / Murray, H. / Ilangovan, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust204985/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The bacterial replication origin BUS promotes nucleobase capture.
著者: Simone Pelliciari / Salomé Bodet-Lefèvre / Stepan Fenyk / Daniel Stevens / Charles Winterhalter / Frederic D Schramm / Sara Pintar / Daniel R Burnham / George Merces / Tomas T Richardson / ...著者: Simone Pelliciari / Salomé Bodet-Lefèvre / Stepan Fenyk / Daniel Stevens / Charles Winterhalter / Frederic D Schramm / Sara Pintar / Daniel R Burnham / George Merces / Tomas T Richardson / Yumiko Tashiro / Julia Hubbard / Hasan Yardimci / Aravindan Ilangovan / Heath Murray /
要旨: Genome duplication is essential for the proliferation of cellular life and this process is generally initiated by dedicated replication proteins at chromosome origins. In bacteria, DNA replication is ...Genome duplication is essential for the proliferation of cellular life and this process is generally initiated by dedicated replication proteins at chromosome origins. In bacteria, DNA replication is initiated by the ubiquitous DnaA protein, which assembles into an oligomeric complex at the chromosome origin (oriC) that engages both double-stranded DNA (dsDNA) and single-stranded DNA (ssDNA) to promote DNA duplex opening. However, the mechanism of DnaA specifically opening a replication origin was unknown. Here we show that Bacillus subtilis DnaA assembles into a continuous oligomer at the site of DNA melting, extending from a dsDNA anchor to engage a single DNA strand. Within this complex, two nucleobases of each ssDNA binding motif (DnaA-trio) are captured within a dinucleotide binding pocket created by adjacent DnaA proteins. These results provide a molecular basis for DnaA specifically engaging the conserved sequence elements within the bacterial chromosome origin basal unwinding system (BUS).
履歴
登録2022年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosomal replication initiator protein DnaA
B: Chromosomal replication initiator protein DnaA
C: Chromosomal replication initiator protein DnaA
D: Chromosomal replication initiator protein DnaA
E: Chromosomal replication initiator protein DnaA
F: Chromosomal replication initiator protein DnaA
G: Chromosomal replication initiator protein DnaA
X: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*C)-3')
Y: DNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,31323
ポリマ－376,5939
非ポリマー3,72014
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Chromosomal replication initiator protein DnaA


分子量: 50929.980 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: dnaA, B4417_2456, C0W65_09430, CFD21_00040, J5227_06470, NRS6116_00005, NRS6202_21170, SC09_Contig28orf00336
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A063XAK9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量: 7227.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: DNA鎖 DNA (41-MER)


分子量: 12855.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Basal unwinding complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Nucleoprotein complex / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 48.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1192718 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00320880
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69928512
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.8953191
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0473206
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063419

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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