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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8brj
タイトルEscherichia coli anaerobic fatty acid beta oxidation trifunctional enzyme (anEcTFE) trimeric complex
要素
  • 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI
  • Fatty acid oxidation complex subunit alpha
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex / heterotrimer
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity ...fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA C-acyltransferase FadI / Fatty oxidation complex, alpha subunit FadJ / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Thiolase, active site / Thiolases active site. ...Acetyl-CoA C-acyltransferase FadI / Fatty oxidation complex, alpha subunit FadJ / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Thiolase-like / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ketoacyl-CoA thiolase FadI / Fatty acid oxidation complex subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Sah-Teli, S.K. / Pinkas, M. / Novacek, J. / Venkatesan, R.
資金援助 チェコ, フィンランド, European Union, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
Academy of Finland293369, 289024 and 319194 フィンランド
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission871037, 871037European Union
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural basis for different membrane-binding properties of E. coli anaerobic and human mitochondrial β-oxidation trifunctional enzymes.
著者: Shiv K Sah-Teli / Matyas Pinkas / Mikko J Hynönen / Sarah J Butcher / Rik K Wierenga / Jiri Novacek / Rajaram Venkatesan /
要旨: Facultative anaerobic bacteria such as Escherichia coli have two αβ heterotetrameric trifunctional enzymes (TFE), catalyzing the last three steps of the β-oxidation cycle: soluble aerobic TFE ...Facultative anaerobic bacteria such as Escherichia coli have two αβ heterotetrameric trifunctional enzymes (TFE), catalyzing the last three steps of the β-oxidation cycle: soluble aerobic TFE (EcTFE) and membrane-associated anaerobic TFE (anEcTFE), closely related to the human mitochondrial TFE (HsTFE). The cryo-EM structure of anEcTFE and crystal structures of anEcTFE-α show that the overall assembly of anEcTFE and HsTFE is similar. However, their membrane-binding properties differ considerably. The shorter A5-H7 and H8 regions of anEcTFE-α result in weaker α-β as well as α-membrane interactions, respectively. The protruding H-H region of anEcTFE-β is therefore more critical for membrane-association. Mutational studies also show that this region is important for the stability of the anEcTFE-β dimer and anEcTFE heterotetramer. The fatty acyl tail binding tunnel of the anEcTFE-α hydratase domain, as in HsTFE-α, is wider than in EcTFE-α, accommodating longer fatty acyl tails, in good agreement with their respective substrate specificities.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI
B: 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI
C: Fatty acid oxidation complex subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,5733
ポリマ－173,5733
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area62940 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI / ACSs / Acetyl-CoA acyltransferase / Acyl-CoA ligase / Beta-ketothiolase / Fatty acid oxidation ...ACSs / Acetyl-CoA acyltransferase / Acyl-CoA ligase / Beta-ketothiolase / Fatty acid oxidation complex subunit beta


分子量: 48202.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fadI, yfcY, b2342, JW2339
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P76503, acetyl-CoA C-acyltransferase
#2: タンパク質 Fatty acid oxidation complex subunit alpha


分子量: 77169.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fadJ, yfcX, b2341, JW2338
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P77399, enoyl-CoA hydratase, 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: anEcTFE trimer / タイプ: COMPLEX / 詳細: heterotrimeric complex / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2.5 mM DTT, 0.0033% amphipol A8-35, pH 8
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 18669
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
5cryoSPARCCTF補正
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12RELION分類
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC３次元再構成
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37357 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311824
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58516057
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.2641701
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411888
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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