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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bo2 | ||||||
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タイトル | BAM-EspP complex structure with BamA-S425C/EspP-S1299C mutations in nanodisc | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / BAM / BamABCDE / EspP / Gram-negative bacteria / outer membrane protein / outer membrane barrel / BamA / BamB / BamC / BamD / BamE / MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein insertion and release | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / periplasmic space / response to antibiotic / serine-type endopeptidase activity / cell surface ...Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / periplasmic space / response to antibiotic / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Shen, C. / Chang, S. / Luo, Q. / Zhang, Z. / Xie, T. / Luo, B. / Lu, G. / Zhu, X. / Wei, X. / Dong, C. ...Shen, C. / Chang, S. / Luo, Q. / Zhang, Z. / Xie, T. / Luo, B. / Lu, G. / Zhu, X. / Wei, X. / Dong, C. / Zhou, R. / Zhang, X. / Tang, X. / Dong, H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural basis of BAM-mediated outer membrane β-barrel protein assembly. 著者: Chongrong Shen / Shenghai Chang / Qinghua Luo / Kevin Chun Chan / Zhibo Zhang / Bingnan Luo / Teng Xie / Guangwen Lu / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Ruhong Zhou / Xing Zhang / ...著者: Chongrong Shen / Shenghai Chang / Qinghua Luo / Kevin Chun Chan / Zhibo Zhang / Bingnan Luo / Teng Xie / Guangwen Lu / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Ruhong Zhou / Xing Zhang / Xiaodi Tang / Haohao Dong / 要旨: The outer membrane structure is common in Gram-negative bacteria, mitochondria and chloroplasts, and contains outer membrane β-barrel proteins (OMPs) that are essential interchange portals of ...The outer membrane structure is common in Gram-negative bacteria, mitochondria and chloroplasts, and contains outer membrane β-barrel proteins (OMPs) that are essential interchange portals of materials. All known OMPs share the antiparallel β-strand topology, implicating a common evolutionary origin and conserved folding mechanism. Models have been proposed for bacterial β-barrel assembly machinery (BAM) to initiate OMP folding; however, mechanisms by which BAM proceeds to complete OMP assembly remain unclear. Here we report intermediate structures of BAM assembling an OMP substrate, EspP, demonstrating sequential conformational dynamics of BAM during the late stages of OMP assembly, which is further supported by molecular dynamics simulations. Mutagenic in vitro and in vivo assembly assays reveal functional residues of BamA and EspP for barrel hybridization, closure and release. Our work provides novel insights into the common mechanism of OMP assembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bo2.cif.gz | 297.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bo2.ent.gz | 215.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bo2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bo2_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bo2_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bo2_validation.xml.gz | 54.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bo2_validation.cif.gz | 82.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Outer membrane protein assembly factor ... , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 88273.555 Da / 分子数: 1 / 変異: S425C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / DH10B / 遺伝子: bamA, yaeT, ECDH10B_0157 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B1XD46 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 41918.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamB, yfgL, b2512, JW2496 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P77774 |
#3: タンパク質 | 分子量: 36875.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P0A903 |
#4: タンパク質 | 分子量: 27858.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamD, yfiO, b2595, JW2577 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P0AC02 |
#5: タンパク質 | 分子量: 13530.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamE, smpA, b2617, JW2598 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P0A937 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 P
#6: タンパク質 | 分子量: 38754.836 Da / 分子数: 1 / 変異: S1299C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: espP, L7020, ECO57PM78 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q7BSW5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203494 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |