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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bht | ||||||||||||
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タイトル | ABCG2 turnover-1 state with tariquidar bound | ||||||||||||
![]() | Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2 | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Multidrug resistance / ABC transporter | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / renal urate salt excretion / sphingolipid transporter activity / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / Abacavir transmembrane transport / organic anion transport ...biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / renal urate salt excretion / sphingolipid transporter activity / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / Abacavir transmembrane transport / organic anion transport / external side of apical plasma membrane / sphingolipid biosynthetic process / organic anion transmembrane transporter activity / Sphingolipid de novo biosynthesis / xenobiotic transport across blood-brain barrier / transepithelial transport / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / Paracetamol ADME / Ciprofloxacin ADME / ABC-type xenobiotic transporter activity / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / cellular detoxification / Heme biosynthesis / Heme degradation / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / mitochondrial membrane / brush border membrane / Iron uptake and transport / transmembrane transport / membrane raft / apical plasma membrane / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Yu, Q. / Kowal, J. / Tajkhorshid, E. / Locher, K.P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Differential dynamics and direct interaction of bound ligands with lipids in multidrug transporter ABCG2. 著者: Ali Rasouli / Qin Yu / Sepehr Dehghani-Ghahnaviyeh / Po-Chao Wen / Julia Kowal / Kaspar P Locher / Emad Tajkhorshid / ![]() ![]() 要旨: ABCG2 is an ATP-binding cassette (ABC) transporter that extrudes a wide range of xenobiotics and drugs from the cell and contributes to multidrug resistance in cancer cells. Following our recent ...ABCG2 is an ATP-binding cassette (ABC) transporter that extrudes a wide range of xenobiotics and drugs from the cell and contributes to multidrug resistance in cancer cells. Following our recent structural characterization of topotecan-bound ABCG2, here, we present cryo-EM structures of ABCG2 under turnover conditions in complex with a special modulator and slow substrate, tariquidar, in nanodiscs. The structures reveal that similar to topotecan, tariquidar induces two distinct ABCG2 conformations under turnover conditions (turnover-1 and turnover-2). μs-scale molecular dynamics simulations of drug-bound and apo ABCG2 in native-like lipid bilayers, in both topotecan- and tariquidar-bound states, characterize the ligand size as a major determinant of its binding stability. The simulations highlight direct lipid-drug interactions for the smaller topotecan, which exhibits a highly dynamic binding mode. In contrast, the larger tariquidar occupies most of the available volume in the binding pocket, thus leaving little space for lipids to enter the cavity and interact with it. Similarly, when simulating ABCG2 in the apo inward-open state, we also observe spontaneous penetration of phospholipids into the binding cavity. The captured phospholipid diffusion pathway into ABCG2 offers a putative general path to recruit any hydrophobic/amphiphilic substrates directly from the membrane. Our simulations also reveal that ABCG2 rejects cholesterol as a substrate, which is omnipresent in plasma membranes that contain ABCG2. At the same time, cholesterol is found to prohibit the penetration of phospholipids into ABCG2. These molecular findings have direct functional ramifications on ABCG2's function as a transporter. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16069MC ![]() 8bi0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.542997149003, 0.116248923929, 0.831649135069), (0.178247531954, -0.951846631469, 0.249430967429), (0.820598509338, 0.283679709965, 0.496128923393)ベクター: 9. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.542997149003, 0.116248923929, 0.831649135069), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73526.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-R1H / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ABCG2 in complex with Tariquidar under turnover condition タイプ: COMPLEX 詳細: ABCG2 was incubated with 5mM ATP, 5mM MgCl2, 0.5mM ADP, 20 uM Tariquidar at room temperature for 10 min Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.144 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono-disperse | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.49 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2939835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 211906 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: NCS constraints / Rms dev position: 0.109850677646 Å |