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- PDB-8bdc: Human apo TRPM8 in a closed state (composite map) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bdc
タイトルHuman apo TRPM8 in a closed state (composite map)
要素Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
キーワードMEMBRANE PROTEIN / calcium ion channel / cold temperature sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated calcium channel activity / thermoception / TRP channels / plasma membrane raft / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / external side of plasma membrane ...ligand-gated calcium channel activity / thermoception / TRP channels / plasma membrane raft / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / TRPM2-like domain / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-POV / UNDECANE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Palchevskyi, S. / Czarnocki-Cieciura, M. / Vistoli, G. / Gervasoni, S. / Nowak, E. / Beccari, A.R. / Nowotny, M. / Talarico, C.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Other government ポーランド
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of human TRPM8 channel.
著者: Sergii Palchevskyi / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Giulio Vistoli / Silvia Gervasoni / Elżbieta Nowak / Andrea R Beccari / Marcin Nowotny / Carmine Talarico /
要旨: TRPM8 is a non-selective cation channel permeable to both monovalent and divalent cations that is activated by multiple factors, such as temperature, voltage, pressure, and changes in osmolality. It ...TRPM8 is a non-selective cation channel permeable to both monovalent and divalent cations that is activated by multiple factors, such as temperature, voltage, pressure, and changes in osmolality. It is a therapeutic target for anticancer drug development, and its modulators can be utilized for several pathological conditions. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of a human TRPM8 channel in the closed state that was solved at 2.7 Å resolution. Our structure comprises the most complete model of the N-terminal pre-melastatin homology region. We also visualized several lipids that are bound by the protein and modeled how the human channel interacts with icilin. Analyses of pore helices in available TRPM structures showed that all these structures can be grouped into different closed, desensitized and open state conformations based on the register of the pore helix S6 which positions particular amino acid residues at the channel constriction.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
B: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
C: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
D: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)519,36228
ポリマ－511,6194
非ポリマー7,74324
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "B"
d_2ens_1chain "A"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LEULEULYSLYSBB41 - 110442 - 1105
d_12Y01Y01Y01Y01BK1201
d_13POVPOVPOVPOVBL1202
d_14Y01Y01Y01Y01BM1203
d_15UNDUNDUNDUNDBN1204
d_16NANANANABO - P1205 - 1206
d_21LEULEULYSLYSAA41 - 110442 - 1105
d_22Y01Y01Y01Y01AE1201
d_23POVPOVPOVPOVAF1202
d_24Y01Y01Y01Y01AG1203
d_25UNDUNDUNDUNDAH1204
d_26NANANANAAI - J1205 - 1206
d_31LEULEULYSLYSCC41 - 110442 - 1105
d_32Y01Y01Y01Y01CQ1201
d_33POVPOVPOVPOVCR1202
d_34Y01Y01Y01Y01CS1203
d_35UNDUNDUNDUNDCT1204
d_36NANANANACU - V1205 - 1206
d_41LEULEULYSLYSDD41 - 110442 - 1105
d_42Y01Y01Y01Y01DW1201
d_43POVPOVPOVPOVDX1202
d_44Y01Y01Y01Y01DY1203
d_45UNDUNDUNDUNDDZ1204
d_46NANANANADAA - BA1205 - 1206

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-3.14610062847E-5, -0.99999999321, -0.00011220549263), (0.999999903076, -3.15102787651E-5, 0.000439152439641), (-0.000439155972286, -0.000112191665577, 0.999999897278)344.427818719, -0.0981232820821, 0.0904883551178
2given(-0.99999969958, 1.68812178946E-5, -0.000774955053208), (-1.72014753259E-5, -0.999999914462, 0.00041325455754), (-0.00077494801068, 0.00041326776376, 0.999999614333)344.556012019, 344.305239442, 0.0601380837307
3given(2.28190235192E-5, 0.999999875498, -0.000498481048793), (-0.999999990507, 2.27512831081E-5, -0.000135898901949), (-0.000135887543946, 0.000498484145141, 0.999999866524)0.109098468249, 344.414758605, -0.0764299010179

-
要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 / Long transient receptor potential channel 6 / LTrpC-6 / LTrpC6 / Transient receptor potential p8 / Trp-p8


分子量: 127904.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPM8, LTRPC6, TRPP8 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7Z2W7
#2: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#3: 化合物
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human TRPM8 in apo form / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.51 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: protein solubilized by LMNG
試料支持詳細: The grid was glow-discharged from both sides prior to vitrification
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 41.42 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 7918
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_4694精密化
PHENIXdev_4694精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO1.7.6粒子像選択
2EPU2.10.0.5REL画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9.8.1モデルフィッティング
9PHENIX1.2モデル精密化dev-4694
10cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13cryoSPARC3.3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1239855
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110176
詳細: composite map created by combining consensus map with four copies of focused pre-MHR + MHR1/2 map
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 54.85 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002430856
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.386642016
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03594856
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00285180
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.60784476
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.66441766482E-12
ens_1d_3CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.95718522276E-10
ens_1d_4DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.57748926671E-11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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