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- PDB-8b42: Structure of heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b42
タイトルStructure of heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel.
要素
  • Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
  • Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / Volume-regulated anion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / taurine transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / protein hexamerization / cellular response to osmotic stress ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / taurine transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / protein hexamerization / cellular response to osmotic stress / cell volume homeostasis / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / intracellular glucose homeostasis / fat cell differentiation / monoatomic ion channel complex / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Sawicka, M. / Dutzler, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of a volume-regulated heteromeric LRRC8A/C channel.
著者: Sonja Rutz / Dawid Deneka / Antje Dittmann / Marta Sawicka / Raimund Dutzler /
要旨: Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions ...Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions determine permeation properties. Although structures of the obligatory LRRC8A, also referred to as SWELL1, have previously defined the architecture of VRACs, the organization of heteromeric channels has remained elusive. Here we have addressed this question by the structural characterization of murine LRRC8A/C channels. Like LRRC8A, these proteins assemble as hexamers. Despite 12 possible arrangements, we find a predominant organization with an A:C ratio of two. In this assembly, four LRRC8A subunits cluster in their preferred conformation observed in homomers, as pairs of closely interacting proteins that stabilize a closed state of the channel. In contrast, the two interacting LRRC8C subunits show a larger flexibility, underlining their role in the destabilization of the tightly packed A subunits, thereby enhancing the activation properties of the protein.
履歴
登録2022年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年12月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年5月24日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年7月26日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.62025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
B: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
C: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
D: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
E: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
F: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)567,1706
ポリマ－567,1706
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21040 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area170040 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / Leucine-rich repeat-containing protein 8A / Protein ebouriffe / ebo


分子量: 95056.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8a, Lrrc8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80WG5
#2: タンパク質 Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C / Factor for adipocyte differentiation 158 / Leucine-rich repeat-containing protein 8C


分子量: 93472.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8c, Ad158, Fad158 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8R502
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 67 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119006 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00232574
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48844120
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.70812146
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0385066
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0035452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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