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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b3j | ||||||
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タイトル | Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 empty capsid atomic model | ||||||
要素 | (Structural polyprotein) x 3 | ||||||
キーワード | VIRUS / Icosahedral / empty particle capsid | ||||||
機能・相同性 | Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Structural polyprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, H. / Okamoto, K. / Munke, A. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2022 タイトル: Structural Insights into Common and Host-Specific Receptor-Binding Mechanisms in Algal Picorna-like Viruses. 著者: Han Wang / Anna Munke / Siqi Li / Yuji Tomaru / Kenta Okamoto / 要旨: viruses are abundant algal viruses that regulate the dynamics of algal blooms in aquatic environments. They employ a narrow host range because they merely lyse their algal host species. This host- ... viruses are abundant algal viruses that regulate the dynamics of algal blooms in aquatic environments. They employ a narrow host range because they merely lyse their algal host species. This host-specific lysis is thought to correspond to the unique receptor-binding mechanism of the viruses. Here, we present the atomic structures of the full and empty capsids of Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 built-in 3.0 Å and 3.1 Å cryo-electron microscopy maps. The empty capsid structure and the structural variability provide insights into its assembly and uncoating intermediates. In conjunction with the previously reported atomic model of the Chaetoceros tenuissimus RNA virus type II capsid, we have identified the common and diverse structural features of the VP1 surface between the viruses. We have also tested the potential usage of AlphaFold2 for structural prediction of the VP1s and a subsequent structural phylogeny for classifying viruses by their hosts. These findings will be crucial for inferring the host-specific receptor-binding mechanism in viruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b3j.cif.gz | 153.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b3j.ent.gz | 118.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b3j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b3j_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b3j_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8b3j_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b3j_validation.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15830MC 8b38C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29930.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: B9A8E1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26871.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: B9A8E1 |
#3: タンパク質 | 分子量: 31098.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: B9A8E1 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1302 / 対称性のタイプ: POINT |