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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8avx | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of DrBphP in Pfr state | |||||||||
要素 | Bacteriophytochrome,Response regulator | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / KINASE / PHOTOSENSOR / PHYTOCHROME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding ...osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Wahlgren, W.Y. / Takala, H. / Westenhoff, S. | |||||||||
資金援助 | European Union, フィンランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of signal transduction in a phytochrome histidine kinase. 著者: Weixiao Yuan Wahlgren / Elin Claesson / Iida Tuure / Sergio Trillo-Muyo / Szabolcs Bódizs / Janne A Ihalainen / Heikki Takala / Sebastian Westenhoff / 要旨: Phytochrome proteins detect red/far-red light to guide the growth, motion, development and reproduction in plants, fungi, and bacteria. Bacterial phytochromes commonly function as an entrance signal ...Phytochrome proteins detect red/far-red light to guide the growth, motion, development and reproduction in plants, fungi, and bacteria. Bacterial phytochromes commonly function as an entrance signal in two-component sensory systems. Despite the availability of three-dimensional structures of phytochromes and other two-component proteins, the conformational changes, which lead to activation of the protein, are not understood. We reveal cryo electron microscopy structures of the complete phytochrome from Deinoccocus radiodurans in its resting and photoactivated states at 3.6 Å and 3.5 Å resolution, respectively. Upon photoactivation, the photosensory core module hardly changes its tertiary domain arrangement, but the connector helices between the photosensory and the histidine kinase modules open up like a zipper, causing asymmetry and disorder in the effector domains. The structures provide a framework for atom-scale understanding of signaling in phytochromes, visualize allosteric communication over several nanometers, and suggest that disorder in the dimeric arrangement of the effector domains is important for phosphatase activity in a two-component system. The results have implications for the development of optogenetic applications. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8avx.cif.gz | 211.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8avx.ent.gz | 157.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8avx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8avx_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8avx_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8avx_validation.xml.gz | 48.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8avx_validation.cif.gz | 69.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15686MC 8avvC 8avwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 101579.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sample is a fusion of Deinococcus radiodurans DrBphP and its response regulator DrRR.,Sample is a fusion of Deinococcus radiodurans DrBphP and its response regulator DrRR. 由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: bphP, DR_A0050, DR_A0049 / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RZA4, UniProt: Q9RZA5, histidine kinase #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Full-length bacteriophytochrome fused to its response regulator from Deinococcus radiodurans. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.101 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98050 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4Q0J PDB chain-ID: A / Accession code: 4Q0J / Source name: PDB / タイプ: experimental model |