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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8avg | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mouse Elp123 with bound SAM | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / wobble uridine modification | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphorylase kinase regulator activity / tRNA uridine(34) acetyltransferase activity / elongator holoenzyme complex / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / I-kappaB phosphorylation / tRNA wobble uridine modification / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RNA polymerase II complex binding / acetyltransferase activity / endopeptidase activator activity ...phosphorylase kinase regulator activity / tRNA uridine(34) acetyltransferase activity / elongator holoenzyme complex / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / I-kappaB phosphorylation / tRNA wobble uridine modification / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RNA polymerase II complex binding / acetyltransferase activity / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / proteasome complex / transcription elongation factor complex / central nervous system development / transcription elongation by RNA polymerase II / neuron migration / : / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Jaciuk, M. / Scherf, D. / Kaszuba, K. / Gaik, M. / Koscielniak, A. / Krutyholowa, R. / Rawski, M. / Indyka, P. / Biela, A. / Dobosz, D. ...Jaciuk, M. / Scherf, D. / Kaszuba, K. / Gaik, M. / Koscielniak, A. / Krutyholowa, R. / Rawski, M. / Indyka, P. / Biela, A. / Dobosz, D. / Lin, T.-Y. / Abbassi, N. / Hammermeister, A. / Chramiec-Glabik, A. / Kosinski, J. / Schaffrath, R. / Glatt, S. | |||||||||
資金援助 | ポーランド, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the fully assembled Elongator complex. 著者: Marcin Jaciuk / David Scherf / Karol Kaszuba / Monika Gaik / Alexander Rau / Anna Kościelniak / Rościsław Krutyhołowa / Michał Rawski / Paulina Indyka / Andrea Graziadei / Andrzej ...著者: Marcin Jaciuk / David Scherf / Karol Kaszuba / Monika Gaik / Alexander Rau / Anna Kościelniak / Rościsław Krutyhołowa / Michał Rawski / Paulina Indyka / Andrea Graziadei / Andrzej Chramiec-Głąbik / Anna Biela / Dominika Dobosz / Ting-Yu Lin / Nour-El-Hana Abbassi / Alexander Hammermeister / Juri Rappsilber / Jan Kosinski / Raffael Schaffrath / Sebastian Glatt / 要旨: Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition ...Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition of chemical groups. Modifications in the tRNA anticodons are directly influencing ribosome decoding and dynamics during translation elongation and are crucial for maintaining proteome integrity. In eukaryotes, wobble uridines are modified by Elongator, a large and highly conserved macromolecular complex. Elongator consists of two subcomplexes, namely Elp123 containing the enzymatically active Elp3 subunit and the associated Elp456 hetero-hexamer. The structure of the fully assembled complex and the function of the Elp456 subcomplex have remained elusive. Here, we show the cryo-electron microscopy structure of yeast Elongator at an overall resolution of 4.3 Å. We validate the obtained structure by complementary mutational analyses in vitro and in vivo. In addition, we determined various structures of the murine Elongator complex, including the fully assembled mouse Elongator complex at 5.9 Å resolution. Our results confirm the structural conservation of Elongator and its intermediates among eukaryotes. Furthermore, we complement our analyses with the biochemical characterization of the assembled human Elongator. Our results provide the molecular basis for the assembly of Elongator and its tRNA modification activity in eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8avg.cif.gz | 329.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8avg.ent.gz | 255.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8avg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8avg_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8avg_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8avg_validation.xml.gz | 68.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8avg_validation.cif.gz | 100.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 149756.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Elp1, Ikap, Ikbkap 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q7TT37 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 93193.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Elp2, Statip1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q91WG4 |
#3: タンパク質 | 分子量: 62481.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Elp3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9CZX0, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
#4: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-SAM / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mouse Elp123 with bound SAM / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.6100 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 15 s wait time, blot force 5, 5 s blot time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.82 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 6415 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: 20 eV slit, fully tuned before the experiment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 185923 詳細: given number of particles is after TOPAZ picking, 2D cleaning and duplicate removal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42894 詳細: Declared resolution for the post-process filtered map 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT 詳細: After initial rigid body fit, further fitting was done using NAMDINATOR with manual corrections in COOT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6QK7 |