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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8at2 | |||||||||
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タイトル | Structure of the augmin TIII subcomplex | |||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / Microtubule / Branching / Nucleation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HAUS complex / microtubule minus-end binding / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / spindle assembly / spindle / microtubule / cell division / centrosome / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zupa, E. / Pfeffer, S. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: The augmin complex architecture reveals structural insights into microtubule branching. 著者: Erik Zupa / Martin Würtz / Annett Neuner / Thomas Hoffmann / Mandy Rettel / Anna Böhler / Bram J A Vermeulen / Sebastian Eustermann / Elmar Schiebel / Stefan Pfeffer / 要旨: In mitosis, the augmin complex binds to spindle microtubules to recruit the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), the principal microtubule nucleator, for the formation of branched microtubules. Our ...In mitosis, the augmin complex binds to spindle microtubules to recruit the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), the principal microtubule nucleator, for the formation of branched microtubules. Our understanding of augmin-mediated microtubule branching is hampered by the lack of structural information on the augmin complex. Here, we elucidate the molecular architecture and conformational plasticity of the augmin complex using an integrative structural biology approach. The elongated structure of the augmin complex is characterised by extensive coiled-coil segments and comprises two structural elements with distinct but complementary functions in γ-TuRC and microtubule binding, linked by a flexible hinge. The augmin complex is recruited to microtubules via a composite microtubule binding site comprising a positively charged unordered extension and two calponin homology domains. Our study provides the structural basis for augmin function in branched microtubule formation, decisively fostering our understanding of spindle formation in mitosis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8at2.cif.gz | 275.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8at2.ent.gz | 215.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8at2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8at2_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8at2_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8at2_validation.xml.gz | 50.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8at2_validation.cif.gz | 74.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8at2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8at2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15631MC 8at3C 8at4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32684.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: LOC495502 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q3B8L5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 68112.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus3 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q6DCY9 |
#3: タンパク質 | 分子量: 41256.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus4.L, haus4, MGC115689 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q4V7I1 |
#4: タンパク質 | 分子量: 77357.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus5.L 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: A0A1L8FPI2 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Augmin TIII subcomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.218 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 69 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12615 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1060446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82776 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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