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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8asw | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of yeast Elp123 in complex with alanine tRNA | |||||||||
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![]() | TRANSLATION / wobble uridine modification | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA carboxymethyluridine synthase / tRNA uridine(34) acetyltransferase activity / elongator holoenzyme complex / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / : / protein transport / regulation of translation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...tRNA carboxymethyluridine synthase / tRNA uridine(34) acetyltransferase activity / elongator holoenzyme complex / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / : / protein transport / regulation of translation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / microtubule binding / tRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | |||||||||
![]() | Jaciuk, M. / Scherf, D. / Kaszuba, K. / Gaik, M. / Koscielniak, A. / Krutyholowa, R. / Rawski, M. / Indyka, P. / Biela, A. / Dobosz, D. ...Jaciuk, M. / Scherf, D. / Kaszuba, K. / Gaik, M. / Koscielniak, A. / Krutyholowa, R. / Rawski, M. / Indyka, P. / Biela, A. / Dobosz, D. / Lin, T.-Y. / Abbassi, N. / Hammermeister, A. / Chramiec-Glabik, A. / Kosinski, J. / Schaffrath, R. / Glatt, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the fully assembled Elongator complex. 著者: Marcin Jaciuk / David Scherf / Karol Kaszuba / Monika Gaik / Alexander Rau / Anna Kościelniak / Rościsław Krutyhołowa / Michał Rawski / Paulina Indyka / Andrea Graziadei / Andrzej ...著者: Marcin Jaciuk / David Scherf / Karol Kaszuba / Monika Gaik / Alexander Rau / Anna Kościelniak / Rościsław Krutyhołowa / Michał Rawski / Paulina Indyka / Andrea Graziadei / Andrzej Chramiec-Głąbik / Anna Biela / Dominika Dobosz / Ting-Yu Lin / Nour-El-Hana Abbassi / Alexander Hammermeister / Juri Rappsilber / Jan Kosinski / Raffael Schaffrath / Sebastian Glatt / ![]() ![]() ![]() 要旨: Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition ...Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition of chemical groups. Modifications in the tRNA anticodons are directly influencing ribosome decoding and dynamics during translation elongation and are crucial for maintaining proteome integrity. In eukaryotes, wobble uridines are modified by Elongator, a large and highly conserved macromolecular complex. Elongator consists of two subcomplexes, namely Elp123 containing the enzymatically active Elp3 subunit and the associated Elp456 hetero-hexamer. The structure of the fully assembled complex and the function of the Elp456 subcomplex have remained elusive. Here, we show the cryo-electron microscopy structure of yeast Elongator at an overall resolution of 4.3 Å. We validate the obtained structure by complementary mutational analyses in vitro and in vivo. In addition, we determined various structures of the murine Elongator complex, including the fully assembled mouse Elongator complex at 5.9 Å resolution. Our results confirm the structural conservation of Elongator and its intermediates among eukaryotes. Furthermore, we complement our analyses with the biochemical characterization of the assembled human Elongator. Our results provide the molecular basis for the assembly of Elongator and its tRNA modification activity in eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 565.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 448.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 102.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 153.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Elongator complex protein ... , 3種, 4分子 ADBC
#1: タンパク質 | 分子量: 153166.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IKI3, ELP1, TOT1, YLR384C, L3502.7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 89519.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ELP2, TOT2, YGR200C, G7725 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 63755.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ELP3, HPA1, TOT3, YPL086C / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q02908, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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-RNA鎖 , 1種, 1分子 X
#4: RNA鎖 | 分子量: 23538.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/5AD.gif)
![](data/chem/img/5AD.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
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#6: 化合物 | ChemComp-5AD / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Yeast Elp123 in complex with alanine tRNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.6361 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 15 s wait time, blot force 5, 5 s blot time |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 42.45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 11080 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 172149 詳細: given number of particles is after TOPAZ picking and Ab-Initio classification | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16809 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT 詳細: After initial rigid body fit, further fitting was done using MDFF and NAMDINATOR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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