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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8apo | |||||||||
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タイトル | Structure of the mitochondrial ribosome from Polytomella magna with tRNAs bound to the A and P sites | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / mitoribosome / mitochondria / polytomella / fragmentation / rrna / evolution / translation | |||||||||
機能・相同性 | ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Polytomella magna (植物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Tobiasson, V. / Berzina, I. / Amunts, A. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure of a mitochondrial ribosome with fragmented rRNA in complex with membrane-targeting elements. 著者: Victor Tobiasson / Ieva Berzina / Alexey Amunts / 要旨: Mitoribosomes of green algae display a great structural divergence from their tracheophyte relatives, with fragmentation of both rRNA and proteins as a defining feature. Here, we report a 2.9 Å ...Mitoribosomes of green algae display a great structural divergence from their tracheophyte relatives, with fragmentation of both rRNA and proteins as a defining feature. Here, we report a 2.9 Å resolution structure of the mitoribosome from the alga Polytomella magna harbouring a reduced rRNA split into 13 fragments. We found that the rRNA contains a non-canonical reduced form of the 5S, as well as a permutation of the LSU domain I. The mt-5S rRNA is stabilised by mL40 that is also found in mitoribosomes lacking the 5S, which suggests an evolutionary pathway. Through comparison to other ribosomes with fragmented rRNAs, we observe that the pattern is shared across large evolutionary distances, and between cellular compartments, indicating an evolutionary convergence and supporting the concept of a primordial fragmented ribosome. On the protein level, eleven peripherally associated HEAT-repeat proteins are involved in the binding of 3' rRNA termini, and the structure features a prominent pseudo-trimer of one of them (mL116). Finally, in the exit tunnel, mL128 constricts the tunnel width of the vestibular area, and mL105, a homolog of a membrane targeting component mediates contacts with an inner membrane bound insertase. Together, the structural analysis provides insight into the evolution of the ribosomal machinery in mitochondria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8apo.cif.gz | 4.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8apo.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8apo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8apo_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8apo_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8apo_validation.xml.gz | 413.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8apo_validation.cif.gz | 701.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15577MC 8a22C 8apnC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 16種, 16分子 A1A2A3A4A5A6A7A8A9B1B2B3B4C1C2C3
#1: RNA鎖 | 分子量: 35302.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) / 参照: GenBank: 485474616 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 26056.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) / 参照: GenBank: 485474616 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 66621.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#4: RNA鎖 | 分子量: 23661.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#5: RNA鎖 | 分子量: 43735.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#6: RNA鎖 | 分子量: 35225.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#7: RNA鎖 | 分子量: 171975.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#8: RNA鎖 | 分子量: 112621.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#9: RNA鎖 | 分子量: 22130.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#58: RNA鎖 | 分子量: 32708.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) / 参照: GenBank: 485474616 |
#59: RNA鎖 | 分子量: 67696.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#60: RNA鎖 | 分子量: 122239.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) / 参照: GenBank: 485474616 |
#61: RNA鎖 | 分子量: 108517.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#106: RNA鎖 | 分子量: 7324.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#107: RNA鎖 | 分子量: 6689.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#108: RNA鎖 | 分子量: 2551.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
+タンパク質 , 89種, 91分子 AaAbAcAdAeAfAhAiAjAkAlAmAnAoApAqArAsAtAuAvAwAxAyAzACAEAFAGAH...
-タンパク質・ペプチド , 15種, 15分子 AAABADXiBCYbUaUdUeUhUiUjUkUlUm
#35: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5921.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
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#36: タンパク質・ペプチド | 分子量: 6149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#38: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5495.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#56: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2949.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#90: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4004.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#95: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5864.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#110: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2813.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#111: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3762.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#112: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#115: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4103.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#116: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#117: タンパク質・ペプチド | 分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#118: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#119: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
#120: タンパク質・ペプチド | 分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) |
-非ポリマー , 5種, 648分子
#121: 化合物 | ChemComp-MG / #122: 化合物 | ChemComp-K / #123: 化合物 | ChemComp-ZN / | #124: 化合物 | ChemComp-ATP / | #125: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mitochondrial ribosome from Polytomella magna in complex with A and P site tRNA as well as mRNA タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#120 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Polytomella magna (植物) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.45 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 45850 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2999000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 76000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |