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- PDB-8apo: Structure of the mitochondrial ribosome from Polytomella magna wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8apo
タイトルStructure of the mitochondrial ribosome from Polytomella magna with tRNAs bound to the A and P sites
要素
  • (Unknown) x 11
  • A-site tRNA anticodon loop
  • P-site tRNA anticodon loop
  • bL17m
  • bL19m
  • bL20m
  • bL21m
  • bL24m
  • bL25m
  • bL27m
  • bL28m
  • bL31m
  • bL32m
  • bL33m
  • bL34m
  • bL35m
  • bL36m
  • bS16m
  • bS18m
  • bS19m
  • bS1m
  • bS21m
  • mL105
  • mL116
  • mL118
  • mL120
  • mL121
  • mL122
  • mL123
  • mL124
  • mL125
  • mL126
  • mL127
  • mL128
  • mL129
  • mL40
  • mL41
  • mL43
  • mL46
  • mL63
  • mL64Microsoft Macro Assembler
  • mL87
  • mRNA伝令RNA
  • mS106
  • mS107
  • mS108
  • mS109
  • mS110
  • mS111
  • mS112
  • mS113
  • mS114
  • mS115
  • mS116
  • mS23
  • mS26
  • mS29
  • mS31
  • mS33
  • mS34
  • mS35
  • mS37
  • mS38
  • mS45
  • mt-5S
  • mtLSU-1
  • mtLSU-2
  • mtLSU-3
  • mtLSU-4
  • mtLSU-5
  • mtLSU-6
  • mtLSU-7
  • mtLSU-8
  • mtSSU-1
  • mtSSU-2
  • mtSSU-3
  • mtSSU-4
  • uL13m
  • uL14m
  • uL15m
  • uL16m
  • uL18m
  • uL22m
  • uL23m
  • uL29m
  • uL2m
  • uL30m
  • uL3m
  • uL4m
  • uL5m
  • uL6m
  • uL9m
  • uS10m
  • uS11m
  • uS12m
  • uS13m
  • uS14m
  • uS15m
  • uS17m
  • uS2m
  • uS3m
  • uS3m-2
  • uS4m
  • uS4m-2
  • uS5m
  • uS6m
  • uS7m
  • uS7m-2
  • uS8m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mitoribosome / mitochondria (ミトコンドリア) / polytomella / fragmentation / rrna (リボソームRNA) / evolution (進化) / translation (翻訳 (生物学))
機能・相同性ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Polytomella magna (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tobiasson, V. / Berzina, I. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of a mitochondrial ribosome with fragmented rRNA in complex with membrane-targeting elements.
著者: Victor Tobiasson / Ieva Berzina / Alexey Amunts /
要旨: Mitoribosomes of green algae display a great structural divergence from their tracheophyte relatives, with fragmentation of both rRNA and proteins as a defining feature. Here, we report a 2.9 Å ...Mitoribosomes of green algae display a great structural divergence from their tracheophyte relatives, with fragmentation of both rRNA and proteins as a defining feature. Here, we report a 2.9 Å resolution structure of the mitoribosome from the alga Polytomella magna harbouring a reduced rRNA split into 13 fragments. We found that the rRNA contains a non-canonical reduced form of the 5S, as well as a permutation of the LSU domain I. The mt-5S rRNA is stabilised by mL40 that is also found in mitoribosomes lacking the 5S, which suggests an evolutionary pathway. Through comparison to other ribosomes with fragmented rRNAs, we observe that the pattern is shared across large evolutionary distances, and between cellular compartments, indicating an evolutionary convergence and supporting the concept of a primordial fragmented ribosome. On the protein level, eleven peripherally associated HEAT-repeat proteins are involved in the binding of 3' rRNA termini, and the structure features a prominent pseudo-trimer of one of them (mL116). Finally, in the exit tunnel, mL128 constricts the tunnel width of the vestibular area, and mL105, a homolog of a membrane targeting component mediates contacts with an inner membrane bound insertase. Together, the structural analysis provides insight into the evolution of the ribosomal machinery in mitochondria.
履歴
登録2022年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: mtLSU-1
A2: mtLSU-2
A3: mtLSU-3
A4: mtLSU-4
A5: mtLSU-5
A6: mtLSU-6
A7: mtLSU-7
A8: mtLSU-8
A9: mt-5S
Aa: uL2m
Ab: uL3m
Ac: uL4m
Ad: uL5m
Ae: uL6m
Af: uL9m
Ah: uL13m
Ai: uL14m
Aj: uL15m
Ak: uL16m
Al: bL17m
Am: uL18m
An: bL19m
Ao: bL20m
Ap: bL21m
Aq: uL22m
Ar: uL23m
As: bL24m
At: bL25m
Au: bL27m
Av: bL28m
Aw: uL29m
Ax: uL30m
Ay: bL31m
Az: bL32m
AA: bL33m
AB: bL34m
AC: bL35m
AD: bL36m
AE: mL40
AF: mL41
AG: mL43
AH: mL46
AI: mL63
AJ: mL64
AK: mL87
AL: mL116
AM: mL116
AN: mL116
AO: mL118
Xa: mL120
Xb: mL121
Xc: mL122
Xd: mL123
Xe: mL124
Xf: mL125
Xg: mL126
Xh: mL127
Xi: mL128
Xj: mL129
B1: mtSSU-1
B2: mtSSU-2
B3: mtSSU-3
B4: mtSSU-4
Ba: bS1m
Bb: uS2m
Bc: uS3m
Bd: uS4m
Be: uS5m
Bf: uS6m
Bg: uS7m
Bh: uS8m
Bi: uS9m
Bj: uS10m
Bk: uS11m
Bl: uS12m
Bm: uS13m
Bn: uS14m
Bo: uS15m
Bp: bS16m
Bq: uS17m
Br: bS18m
Bs: bS19m
Bt: bS21m
Bu: mS23
Bv: mS26
Bw: mS29
Bx: mS31
By: mS33
Bz: mS34
BA: mS35
BB: mS37
BC: mS38
BD: mS45
BE: mS106
BF: mS107
Ya: uS4m-2
Yb: mS108
Yc: mS109
Yd: mS110
Ye: uS3m-2
Yf: mS111
Yg: mS112
Yh: mS113
Yi: mS114
Yj: mS115
Yk: mS116
Yl: uS7m-2
C1: P-site tRNA anticodon loop
C2: A-site tRNA anticodon loop
C3: mRNA
Ub: mL105
Ua: Unknown
Ud: Unknown
Ue: Unknown
Uf: Unknown
Ug: Unknown
Uh: Unknown
Ui: Unknown
Uj: Unknown
Uk: Unknown
Ul: Unknown
Um: Unknown
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,867,516266
ポリマ－2,863,048122
非ポリマー4,468144
水9,080504
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 16種, 16分子 A1A2A3A4A5A6A7A8A9B1B2B3B4C1C2C3

#1: RNA鎖 mtLSU-1


分子量: 35302.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) / 参照: GenBank: 485474616
#2: RNA鎖 mtLSU-2


分子量: 26056.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) / 参照: GenBank: 485474616
#3: RNA鎖 mtLSU-3


分子量: 66621.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#4: RNA鎖 mtLSU-4


分子量: 23661.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#5: RNA鎖 mtLSU-5


分子量: 43735.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#6: RNA鎖 mtLSU-6


分子量: 35225.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#7: RNA鎖 mtLSU-7


分子量: 171975.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#8: RNA鎖 mtLSU-8


分子量: 112621.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#9: RNA鎖 mt-5S


分子量: 22130.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#58: RNA鎖 mtSSU-1


分子量: 32708.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) / 参照: GenBank: 485474616
#59: RNA鎖 mtSSU-2


分子量: 67696.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#60: RNA鎖 mtSSU-3


分子量: 122239.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物) / 参照: GenBank: 485474616
#61: RNA鎖 mtSSU-4


分子量: 108517.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#106: RNA鎖 P-site tRNA anticodon loop


分子量: 7324.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#107: RNA鎖 A-site tRNA anticodon loop


分子量: 6689.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#108: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 2551.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)

+
タンパク質 , 89種, 91分子 AaAbAcAdAeAfAhAiAjAkAlAmAnAoApAqArAsAtAuAvAwAxAyAzACAEAFAGAH...

#10: タンパク質 uL2m


分子量: 33873.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#11: タンパク質 uL3m


分子量: 34287.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#12: タンパク質 uL4m


分子量: 33741.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#13: タンパク質 uL5m


分子量: 21894.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#14: タンパク質 uL6m


分子量: 27446.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#15: タンパク質 uL9m


分子量: 6163.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#16: タンパク質 uL13m


分子量: 21549.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#17: タンパク質 uL14m


分子量: 13522.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#18: タンパク質 uL15m


分子量: 22826.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#19: タンパク質 uL16m


分子量: 19334.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#20: タンパク質 bL17m


分子量: 20047.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#21: タンパク質 uL18m


分子量: 12928.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#22: タンパク質 bL19m


分子量: 19849.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#23: タンパク質 bL20m


分子量: 13695.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#24: タンパク質 bL21m


分子量: 22296.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#25: タンパク質 uL22m


分子量: 21768.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#26: タンパク質 uL23m


分子量: 18235.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#27: タンパク質 bL24m


分子量: 13088.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#28: タンパク質 bL25m


分子量: 28550.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#29: タンパク質 bL27m


分子量: 16266.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#30: タンパク質 bL28m


分子量: 15075.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#31: タンパク質 uL29m


分子量: 14509.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#32: タンパク質 uL30m


分子量: 20863.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#33: タンパク質 bL31m


分子量: 8388.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#34: タンパク質 bL32m


分子量: 6690.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#37: タンパク質 bL35m


分子量: 16673.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#39: タンパク質 mL40


分子量: 10895.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#40: タンパク質 mL41


分子量: 10819.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#41: タンパク質 mL43


分子量: 14180.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#42: タンパク質 mL46


分子量: 20078.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#43: タンパク質 mL63


分子量: 7181.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#44: タンパク質 mL64 / Microsoft Macro Assembler


分子量: 14227.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#45: タンパク質 mL87


分子量: 16437.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#46: タンパク質 mL116


分子量: 46617.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#47: タンパク質 mL118


分子量: 40870.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#48: タンパク質 mL120


分子量: 22283.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#49: タンパク質 mL121


分子量: 27805.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#50: タンパク質 mL122


分子量: 7019.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#51: タンパク質 mL123


分子量: 45953.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#52: タンパク質 mL124


分子量: 52212.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#53: タンパク質 mL125


分子量: 22855.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#54: タンパク質 mL126


分子量: 44063.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#55: タンパク質 mL127


分子量: 16291.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#57: タンパク質 mL129


分子量: 8260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#62: タンパク質 bS1m


分子量: 27631.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#63: タンパク質 uS2m


分子量: 26625.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#64: タンパク質 uS3m


分子量: 31441.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#65: タンパク質 uS4m


分子量: 25534.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#66: タンパク質 uS5m


分子量: 25956.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#67: タンパク質 uS6m


分子量: 13776.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#68: タンパク質 uS7m


分子量: 12740.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#69: タンパク質 uS8m


分子量: 43012.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#70: タンパク質 uS9m


分子量: 32274.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#71: タンパク質 uS10m


分子量: 45092.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#72: タンパク質 uS11m


分子量: 12426.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#73: タンパク質 uS12m


分子量: 13729.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#74: タンパク質 uS13m


分子量: 12807.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#75: タンパク質 uS14m


分子量: 13921.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#76: タンパク質 uS15m


分子量: 18048.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#77: タンパク質 bS16m


分子量: 14298.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#78: タンパク質 uS17m


分子量: 15002.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#79: タンパク質 bS18m


分子量: 10606.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#80: タンパク質 bS19m


分子量: 10384.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#81: タンパク質 bS21m


分子量: 8829.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#82: タンパク質 mS23


分子量: 19393.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#83: タンパク質 mS26


分子量: 19292.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#84: タンパク質 mS29


分子量: 39282.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#85: タンパク質 mS31


分子量: 66912.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#86: タンパク質 mS33


分子量: 9022.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#87: タンパク質 mS34


分子量: 14053.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#88: タンパク質 mS35


分子量: 19588.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#89: タンパク質 mS37


分子量: 9493.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#91: タンパク質 mS45


分子量: 30779.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#92: タンパク質 mS106


分子量: 18551.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#93: タンパク質 mS107


分子量: 42316.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#94: タンパク質 uS4m-2


分子量: 20395.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#96: タンパク質 mS109


分子量: 18394.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#97: タンパク質 mS110


分子量: 11167.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#98: タンパク質 uS3m-2


分子量: 12220.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#99: タンパク質 mS111


分子量: 17507.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#100: タンパク質 mS112


分子量: 7917.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#101: タンパク質 mS113


分子量: 7505.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#102: タンパク質 mS114


分子量: 15270.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#103: タンパク質 mS115


分子量: 40611.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#104: タンパク質 mS116


分子量: 10018.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#105: タンパク質 uS7m-2


分子量: 9622.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#109: タンパク質 mL105


分子量: 15669.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#113: タンパク質 Unknown


分子量: 6230.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#114: タンパク質 Unknown


分子量: 5379.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)

-
タンパク質・ペプチド , 15種, 15分子 AAABADXiBCYbUaUdUeUhUiUjUkUlUm

#35: タンパク質・ペプチド bL33m


分子量: 5921.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#36: タンパク質・ペプチド bL34m


分子量: 6149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#38: タンパク質・ペプチド bL36m


分子量: 5495.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#56: タンパク質・ペプチド mL128


分子量: 2949.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#90: タンパク質・ペプチド mS38


分子量: 4004.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#95: タンパク質・ペプチド mS108


分子量: 5864.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#110: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 2813.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#111: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 3762.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#112: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#115: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 4103.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#116: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#117: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#118: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#119: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)
#120: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polytomella magna (植物)

-
非ポリマー , 5種, 648分子

#121: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#122: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#123: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#124: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#125: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial ribosome from Polytomella magna in complex with A and P site tRNA as well as mRNA
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#120 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Polytomella magna (植物)
緩衝液pH: 7.45
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
25 mMMagnesium ChlorideMgCl21
350 mMPotassium ChlorideKCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 45850
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.1粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9.5モデルフィッティング
9RELION3.0.1初期オイラー角割当
10RELION3.0.1最終オイラー角割当
11RELION3.0.1分類
12RELION3.0.1３次元再構成
13Rosettaモデル精密化
14PHENIX3874モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2999000
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 76000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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