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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8apa | ||||||
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タイトル | rotational state 1a of the Trypanosoma brucei mitochondrial ATP synthase dimer | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / ATP synthase / mitochondria | ||||||
機能・相同性 | ![]() H+-transporting two-sector ATPase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / kinetoplast / ATP biosynthetic process / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) ...H+-transporting two-sector ATPase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / kinetoplast / ATP biosynthetic process / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / chloroplast thylakoid membrane / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / photosynthetic electron transport in photosystem II / H+-transporting two-sector ATPase / proton transmembrane transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / mitochondrial membrane / ADP binding / mitochondrial inner membrane / hydrolase activity / lipid binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Muehleip, A. / Gahura, O. / Zikova, A. / Amunts, A. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: An ancestral interaction module promotes oligomerization in divergent mitochondrial ATP synthases. 著者: Ondřej Gahura / Alexander Mühleip / Carolina Hierro-Yap / Brian Panicucci / Minal Jain / David Hollaus / Martina Slapničková / Alena Zíková / Alexey Amunts / ![]() ![]() 要旨: Mitochondrial ATP synthase forms stable dimers arranged into oligomeric assemblies that generate the inner-membrane curvature essential for efficient energy conversion. Here, we report cryo-EM ...Mitochondrial ATP synthase forms stable dimers arranged into oligomeric assemblies that generate the inner-membrane curvature essential for efficient energy conversion. Here, we report cryo-EM structures of the intact ATP synthase dimer from Trypanosoma brucei in ten different rotational states. The model consists of 25 subunits, including nine lineage-specific, as well as 36 lipids. The rotary mechanism is influenced by the divergent peripheral stalk, conferring a greater conformational flexibility. Proton transfer in the lumenal half-channel occurs via a chain of five ordered water molecules. The dimerization interface is formed by subunit-g that is critical for interactions but not for the catalytic activity. Although overall dimer architecture varies among eukaryotes, we find that subunit-g together with subunit-e form an ancestral oligomerization motif, which is shared between the trypanosomal and mammalian lineages. Therefore, our data defines the subunit-g/e module as a structural component determining ATP synthase oligomeric assemblies. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 189.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 302.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15563MC ![]() 8ap6C ![]() 8ap7C ![]() 8ap8C ![]() 8ap9C ![]() 8apbC ![]() 8apcC ![]() 8apdC ![]() 8apeC ![]() 8apfC ![]() 8apgC ![]() 8aphC ![]() 8apjC ![]() 8apkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-ATP synthase subunit ... , 5種, 11分子 A1B1C1D1E1F1I1J1K1L1a
#1: タンパク質 | 分子量: 63574.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9GS23 #2: タンパク質 | 分子量: 55836.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9GPE9, H+-transporting two-sector ATPase #5: タンパク質 | | 分子量: 8706.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0DPG3 #6: タンパク質 | 分子量: 21268.279 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0DPG4 #11: タンパク質 | | 分子量: 28708.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P24499 |
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-タンパク質 , 20種, 31分子 G1H1LlMmM1O1P1Q1R1S1T1U1V1W1X1cdefghijknopqr
#3: タンパク質 | 分子量: 34472.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A161CM65, H+-transporting two-sector ATPase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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#4: タンパク質 | 分子量: 20172.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 参照: UniProt: Q586H1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 10448.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q387J1 #8: タンパク質 | 分子量: 16092.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZJA0 #9: タンパク質 | | 分子量: 28869.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q38AG1 #10: タンパク質 | 分子量: 12398.870 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38C84, H+-transporting two-sector ATPase #12: タンパク質 | | 分子量: 13750.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q585K5 #13: タンパク質 | | 分子量: 43379.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q57ZW9 #14: タンパク質 | | 分子量: 46883.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38CI8 #15: タンパク質 | | 分子量: 17182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57ZE2 #16: タンパク質 | | 分子量: 27646.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A3L6KRX7 #17: タンパク質 | | 分子量: 17218.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q389Z3 #18: タンパク質 | | 分子量: 12661.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57ZM4 #19: タンパク質 | | 分子量: 20307.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0A5R7 #20: タンパク質 | | 分子量: 14531.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57VT0 #21: タンパク質 | | 分子量: 17929.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q582T1 #22: タンパク質 | | 分子量: 11676.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57Z84 #23: タンパク質 | | 分子量: 12325.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZLR9 #24: タンパク質 | | 分子量: 12293.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q583U4 #25: タンパク質 | | 分子量: 7649.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-糖 , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
#32: 糖 |
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-非ポリマー , 8種, 34分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/UTP.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/PEE.gif)
![](data/chem/img/Q7G.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/UTP.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/PEE.gif)
![](data/chem/img/Q7G.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
#26: 化合物 | ChemComp-ATP / #27: 化合物 | ChemComp-MG / #28: 化合物 | ChemComp-ADP / | #29: 化合物 | ChemComp-UTP / | #30: 化合物 | ChemComp-CDL / #31: 化合物 | #33: 化合物 | #34: 化合物 | ChemComp-PC1 / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: mitochondrial ATP synthase dimer from Trypanosoma brucei タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Lister427 / Organelle: Mitochondrion |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 電子線照射量: 33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19764 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT |