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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8al0 | ||||||
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タイトル | 365 A SynPspA rod after incubation with ATP | ||||||
![]() | Chloroplast membrane-associated 30 kD protein | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / Nucleotide binding / Helical assembly / ESCRT-III fold / Membrane remodeling | ||||||
機能・相同性 | phage shock / PspA/IM30 / PspA/IM30 family / cytosol / Chloroplast membrane-associated 30 kD protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | ||||||
![]() | Junglas, B. / Hudina, E. / Schoennenbeck, P. / Ritter, I. / Santiago-Schuebel, B. / Huesgen, P. / Sachse, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Non-canonical ATPase activity drives PspA membrane constriction 著者: Junglas, B. / Hudina, E. / Schoennenbeck, P. / Ritter, I. / Santiago-Schuebel, B. / Huesgen, P. / Sachse, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 252.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 346.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15499MC ![]() 8akqC ![]() 8akrC ![]() 8aksC ![]() 8aktC ![]() 8akuC ![]() 8akvC ![]() 8akwC ![]() 8akxC ![]() 8akyC ![]() 8akzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28097.758 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: im30 / プラスミド: pET50del 詳細 (発現宿主): Based on pET50b(+) with deletion of NusA tag 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Phage shock protein A (PspA) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 182.9 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -52 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.95 Å / らせん対称軸の対称性: C3 |
3次元再構成 | 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17663 / 対称性のタイプ: HELICAL |