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- PDB-8a8w: Mycobacterium tuberculosis ClpC1 hexamer structure bound to the n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8w
タイトルMycobacterium tuberculosis ClpC1 hexamer structure bound to the natural product antibiotic Ecumycin (class 1)
要素
  • ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
  • Bound polypeptide
キーワードCHAPERONE / hexamer / tuberculosis / drug target / protein quality control
機能・相同性
機能・相同性情報


protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / cellular response to heat / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily ...UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.29 Å
データ登録者Felix, J. / Fraga, H. / Gragera, M. / Bueno, T. / Weinhaeupl, K.
資金援助European Union, 3件
組織認可番号国
Other governmentiNEXT Discovery (871037)European Union
Other governmentCRIOMECORR project (ESFRI-2019-01-CSIC-16)European Union
Other governmentInstruct-ERIC (PID 15689)European Union
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Structure of the drug target ClpC1 unfoldase in action provides insights on antibiotic mechanism of action.
著者: Katharina Weinhäupl / Marcos Gragera / M Teresa Bueno-Carrasco / Rocío Arranz / Olga Krandor / Tatos Akopian / Raquel Soares / Eric Rubin / Jan Felix / Hugo Fraga /
要旨: The unfoldase ClpC1 is one of the most exciting drug targets against tuberculosis. This AAA+ unfoldase works in cooperation with the ClpP1P2 protease and is the target of at least four natural ...The unfoldase ClpC1 is one of the most exciting drug targets against tuberculosis. This AAA+ unfoldase works in cooperation with the ClpP1P2 protease and is the target of at least four natural product antibiotics: cyclomarin, ecumicin, lassomycin, and rufomycin. Although these molecules are promising starting points for drug development, their mechanisms of action remain largely unknown. Taking advantage of a middle domain mutant, we determined the first structure of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 in its apo, cyclomarin-, and ecumicin-bound states via cryo-EM. The obtained structure displays features observed in other members of the AAA+ family and provides a map for further drug development. While the apo and cyclomarin-bound structures are indistinguishable and have N-terminal domains that are invisible in their respective EM maps, around half of the ecumicin-bound ClpC1 particles display three of their six N-terminal domains in an extended conformation. Our structural observations suggest a mechanism where ecumicin functions by mimicking substrate binding, leading to ATPase activation and changes in protein degradation profile.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
D: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
E: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
F: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
G: Bound polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)574,97017
ポリマ－570,6987
非ポリマー4,27210
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area46570 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area133190 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1


分子量: 94758.695 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: clpC1, Rv3596c, MTCY07H7B.26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPC9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド Bound polypeptide


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The exact sequence of the polypeptide is unknown.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterium tuberculosis ClpC1 bound to the natural product antibiotic Ecumicin
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.567 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
詳細: Hepes pH 7.4 50 mM, NaCl 100 mM, 10 mM MgCl2, ATP 1mM
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 10 microM ClpC1 with 30 microM Ecumicin
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影平均露光時間: 40 sec. / 電子線照射量: 32.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARCv3.3.2CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARCv3.3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARCv3.3.2最終オイラー角割当
11cryoSPARCv3.3.2分類
12cryoSPARCv3.3.2３次元再構成
19PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45698 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Initial model source is a trimmed AlphaFold model of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 (https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/P9WPC8).
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01527590
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.77737231
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.0283847
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0474245
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064837

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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