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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a61 | |||||||||
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タイトル | S. cerevisiae apo phosphorylated APC/C | |||||||||
![]() | (Anaphase-promoting complex subunit ...) x 13 | |||||||||
![]() | CELL CYCLE / APC/C / ubiqutiniation / D-box / Cdh1 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() anaphase-promoting complex assembly / negative regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / ascospore wall assembly / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / anaphase-promoting complex / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process ...anaphase-promoting complex assembly / negative regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / ascospore wall assembly / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / anaphase-promoting complex / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein autoubiquitination / reciprocal meiotic recombination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / exit from mitosis / ligase activity / mitotic sister chromatid segregation / cullin family protein binding / ubiquitin ligase inhibitor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / enzyme regulator activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mitotic cell cycle / cyclin binding / nuclear periphery / kinetochore / spindle pole / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / cell cycle / cell division / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å | |||||||||
![]() | Barford, D. / Fernandez-Vazquez, E. / Zhang, Z. / Yang, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the S. cerevisiae apo phosphorylated APC/C 著者: Barford, D. / Fernandez-Vazquez, E. / Zhang, Z. / Yang, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 997.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 169.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 242.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15201MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Anaphase-promoting complex subunit ... , 13種, 17分子 FHJKGWETUCODPINQA
#1: タンパク質 | 分子量: 85487.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC27, APC3, SNB1, YBL084C, YBL0718 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 96282.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC16, YKL022C / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 14096.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC26, HIT3, SCD26, YFR036W / 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 30901.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC9, YLR102C / 発現宿主: ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 100099.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC2, RSI1, YLR127C, L3105, L3108 / 発現宿主: ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 18887.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC11, YDL008W, D2900 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q12157, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #7: タンパク質 | | 分子量: 196372.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC1, YNL172W, N1677 / 発現宿主: ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 79355.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC5, RMC1, YOR249C / 発現宿主: ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 73197.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC23, YHR166C / 発現宿主: ![]() #10: タンパク質 | | 分子量: 19377.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SWM1, APC13, YDR260C, YD9320A.11, YD9320A.11c / 発現宿主: ![]() #11: タンパク質 | | 分子量: 42881.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MND2, YIR025W / 発現宿主: ![]() #12: タンパク質 | | 分子量: 75345.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC4, YDR118W / 発現宿主: ![]() #13: タンパク質 | | 分子量: 28810.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DOC1, APC10, YGL240W, HRC283 / 発現宿主: ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Phosphorylated apo anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C) タイプ: COMPLEX 詳細: Phosphorylated apo anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C) Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.127 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.3 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blotting 2 secs |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm / Calibrated defocus min: 2600 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3900 nm / C2レンズ絞り径: 51 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 59 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5904 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 1.7 µm / 横: 1034 / 縦: 1034 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 806068 | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 287434 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 251.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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