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- PDB-8a5i: Cryo-EM structure of Lincomycin bound to the Listeria monocytogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a5i
タイトルCryo-EM structure of Lincomycin bound to the Listeria monocytogenes 50S ribosomal subunit.
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / Listeria monocytogenes / Lincomycin / 50S / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / : / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6
類似検索 - ドメイン・相同性
LINCOMYCIN / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...LINCOMYCIN / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32B / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL30
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Koller, T.O. / Crowe-McAuliffe, C. / Wilson, D.N.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Other governmentDLR01KI1820
Swedish Research Council2018-00956 スウェーデン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis for HflXr-mediated antibiotic resistance in Listeria monocytogenes.
著者: Timm O Koller / Kathryn J Turnbull / Karolis Vaitkevicius / Caillan Crowe-McAuliffe / Mohammad Roghanian / Ondřej Bulvas / Jose A Nakamoto / Tatsuaki Kurata / Christina Julius / Gemma C ...著者: Timm O Koller / Kathryn J Turnbull / Karolis Vaitkevicius / Caillan Crowe-McAuliffe / Mohammad Roghanian / Ondřej Bulvas / Jose A Nakamoto / Tatsuaki Kurata / Christina Julius / Gemma C Atkinson / Jörgen Johansson / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson /
要旨: HflX is a ubiquitous bacterial GTPase that splits and recycles stressed ribosomes. In addition to HflX, Listeria monocytogenes contains a second HflX homolog, HflXr. Unlike HflX, HflXr confers ...HflX is a ubiquitous bacterial GTPase that splits and recycles stressed ribosomes. In addition to HflX, Listeria monocytogenes contains a second HflX homolog, HflXr. Unlike HflX, HflXr confers resistance to macrolide and lincosamide antibiotics by an experimentally unexplored mechanism. Here, we have determined cryo-EM structures of L. monocytogenes HflXr-50S and HflX-50S complexes as well as L. monocytogenes 70S ribosomes in the presence and absence of the lincosamide lincomycin. While the overall geometry of HflXr on the 50S subunit is similar to that of HflX, a loop within the N-terminal domain of HflXr, which is two amino acids longer than in HflX, reaches deeper into the peptidyltransferase center. Moreover, unlike HflX, the binding of HflXr induces conformational changes within adjacent rRNA nucleotides that would be incompatible with drug binding. These findings suggest that HflXr confers resistance using an allosteric ribosome protection mechanism, rather than by simply splitting and recycling antibiotic-stalled ribosomes.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年11月16日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_validate_close_contact ...citation / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 50S ribosomal protein L28
2: 50S ribosomal protein L29
3: 50S ribosomal protein L30
4: 50S ribosomal protein L31 type B
5: 50S ribosomal protein L32-2
6: 50S ribosomal protein L33 1
7: 50S ribosomal protein L34
8: 50S ribosomal protein L35
9: 50S ribosomal protein L36
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
G: 50S ribosomal protein L2
H: 50S ribosomal protein L3
I: 50S ribosomal protein L4
J: 50S ribosomal protein L5
K: 50S ribosomal protein L6
M: 50S ribosomal protein L13
N: 50S ribosomal protein L14
O: 50S ribosomal protein L15
P: 50S ribosomal protein L16
Q: 50S ribosomal protein L17
R: 50S ribosomal protein L18
S: 50S ribosomal protein L19
T: 50S ribosomal protein L20
U: 50S ribosomal protein L21
V: 50S ribosomal protein L22
W: 50S ribosomal protein L23
X: 50S ribosomal protein L24
Z: 50S ribosomal protein L27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,341,564201
ポリマ－1,336,65629
非ポリマー4,908172
水24,8791381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 123456789GHIJKMNOPQRSTUVWXZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 7010.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P66144
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7414.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P66166
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6504.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q927M5
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 9274.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P0A485
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L32-2


分子量: 6534.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P66207
#6: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 6021.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P66219
#7: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5319.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P66248
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7746.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P0A491
#9: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4336.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P66290
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30568.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P60426
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22863.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q8Y440
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22640.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P61055
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20023.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q927L9
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19434.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q8Y444
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16227.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q8Y458
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13248.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q927L7
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15812.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q8Y447
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16171.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q927L4
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 15246.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q8Y450
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13121.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q8Y445
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13146.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: O53083
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13719.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P66103
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11234.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q8Y6Y9
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12895.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q927L2
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10935.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: Q8Y441
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11205.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0P6T4V2
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 10571.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 参照: UniProt: P66125

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#10: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 950710.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
参照: GenBank: 523836572
#11: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36716.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
参照: GenBank: 1182963193

-
非ポリマー , 7種, 1553分子

#30: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#31: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#32: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#33: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#34: 化合物 ChemComp-3QB / LINCOMYCIN / methyl (5R)-5-[(1R,2R)-2-hydroxy-1-{[(4R)-1-methyl-4-propyl-L-prolyl]amino}propyl]-1-thio-beta-L-arabinopyranoside / リンコマイシン


分子量: 406.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34N2O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#35: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#36: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Lincomycin bound to the Listeria monocytogenes 50S ribosomal subunit.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#29 / 由来: NATURAL
分子量値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes E (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 0.05% Nikkol
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
215 mMMagnesium acetateMg(OAc)21
395 mMPotassium chlorideKCl1
45 mMAmmonium chlorideNH4Cl1
50.5 mMCalcium chlorideCaCl21
68 mMPutrescineC4H12N21
71 mMSpermidineC7H19N31
80.5 mMEDTAC10H16N2O81
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 5 OD260/mL
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 270000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 40.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.12.1画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
10RELION3.1.3初期オイラー角割当
11RELION3.1.3最終オイラー角割当
12RELION3.1.3分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 506262
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285330 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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