+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a3y | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / chromatin / rna polymerase II / nucleosome / TFIIS / elongation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Ski complex / positive regulation of mRNA 3'-end processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / negative regulation of myeloid cell differentiation ...blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Ski complex / positive regulation of mRNA 3'-end processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / negative regulation of myeloid cell differentiation / endodermal cell fate commitment / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / DSIF complex / blastocyst hatching / trophectodermal cell differentiation / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA 3'-end processing / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / stem cell population maintenance / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / interleukin-6-mediated signaling pathway / mRNA Capping / negative regulation of gene expression, epigenetic / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II complex binding / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of macroautophagy / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II activity / protein localization to nucleus / positive regulation of Wnt signaling pathway / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of fibroblast proliferation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / translation initiation factor binding / SH2 domain binding / rescue of stalled ribosome / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / regulation of cell growth / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Hedgehog 'on' state / protein destabilization / euchromatin / fibrillar center / ribonucleoside binding / Wnt signaling pathway / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / structural constituent of chromatin / negative regulation of epithelial cell proliferation / nucleosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) Homo sapiens (ヒト) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Farnung, L. / Ochmann, M. / Garg, G. / Vos, S.M. / Cramer, P. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structure of a backtracked hexasomal intermediate of nucleosome transcription. 著者: Lucas Farnung / Moritz Ochmann / Gaurika Garg / Seychelle M Vos / Patrick Cramer / 要旨: During gene transcription, RNA polymerase II (RNA Pol II) passes nucleosomes with the help of various elongation factors. Here, we show that RNA Pol II achieves efficient nucleosome passage when the ...During gene transcription, RNA polymerase II (RNA Pol II) passes nucleosomes with the help of various elongation factors. Here, we show that RNA Pol II achieves efficient nucleosome passage when the human elongation factors DSIF, PAF1 complex (PAF), RTF1, SPT6, and TFIIS are present. The cryo-EM structure of an intermediate of the nucleosome passage shows a partially unraveled hexasome that lacks the proximal H2A-H2B dimer and interacts with the RNA Pol II jaw, DSIF, and the CTR9trestle helix. RNA Pol II adopts a backtracked state with the RNA 3' end dislodged from the active site and bound in the RNA Pol II pore. Additional structures and biochemical data show that human TFIIS enters the RNA Pol II pore and stimulates the cleavage of the backtracked RNA and nucleosome passage. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a3y.cif.gz | 2.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8a3y.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8a3y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a3y_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8a3y_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a3y_validation.xml.gz | 187.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a3y_validation.cif.gz | 316.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15127MC 8a40C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 219049.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUC2 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 142426.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 30898.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: POLR2C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: I3LCH3 |
#5: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#7: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4 |
-RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 DL
#4: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4 |
---|---|
#12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0JYF1 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ
#6: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1KNW4 |
---|---|
#8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2 |
#10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0 |
-タンパク質 , 8種, 10分子 MVWXaebfcd
#13: タンパク質 | 分子量: 117027.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#19: タンパク質 | 分子量: 36450.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAF1, PD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N7H5 | ||||||
#20: タンパク質 | 分子量: 33617.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR61 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9GZS3 | ||||||
#21: タンパク質 | 分子量: 60673.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC73, C1orf28, HRPT2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P1J9 | ||||||
#24: タンパク質 | 分子量: 15435.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233 #25: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #26: タンパク質 | | 分子量: 11294.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: LOC494591, h2ac14.L, hist1h2aj, hist1h2aj.L, XELAEV_18003602mg 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6AZJ8 #27: タンパク質 | | 分子量: 10607.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: LOC108704302 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8J1LZU9 |
-DNA鎖 , 1種, 1分子 N
#14: DNA鎖 | 分子量: 39557.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|
-RNA, Template ... , 2種, 2分子 PT
#15: RNA鎖 | 分子量: 9054.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#18: DNA鎖 | 分子量: 42305.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA polymerase-associated protein ... , 2種, 3分子 QUR
#16: タンパク質 | 分子量: 210005.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTR9, KIAA0155, SH2BP1, LEO1, RDL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PD62, UniProt: Q8WVC0 #17: タンパク質 | | 分子量: 29128.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTF1, KIAA0252 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92541 |
---|
-Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 YZ
#22: タンパク質 | 分子量: 13508.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, QtsA-10763 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q4R941 |
---|---|
#23: タンパク質 | 分子量: 121225.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O00267 |
-非ポリマー , 2種, 10分子
#28: 化合物 | ChemComp-ZN / #29: 化合物 | ChemComp-MG / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mammalian Pol II-TFIIS elongation complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17, #20-#27 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30000 / 対称性のタイプ: POINT |