PDB-8a11: Cryo-EM structure of the Human SHMT1-RNA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a11

タイトル

Cryo-EM structure of the Human SHMT1-RNA complex

要素

Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic

キーワード

TRANSFERASE / Riboregulation / Metabolism / 1 carbon metablism / Moonlighting protein / RNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to tetrahydrofolate / Carnitine synthesis / purine nucleobase biosynthetic process / L-serine metabolic process / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / Metabolism of folate and pterines ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å

データ登録者

Spizzichino, S. / Marabelli, C. / Bharadwaj, A. / Jakobi, A.J. / Chaves-Sanjuan, A. / Giardina, G. / Bolognesi, M. / Cutruzzola, F.

資金援助

イタリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the Human SHMT1-RNA complex
著者: Spizzichino, S. / Marabelli, C. / Bharadwaj, A. / Jakobi, A.J. / Chaves-Sanjuan, A. / Giardina, G. / Bolognesi, M. / Cutruzzola, F.

履歴

登録	2022年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_entity_assembly / em_entity_assembly_molwt / entity / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_na_base_pair / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.chain_id / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_entity_assembly_molwt.units / _em_entity_assembly_molwt.value / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 解説: Model completeness 詳細: As requested from the reviewers we removed the previously modelled RNA and the PLP molecule from the active site when it's not visible. Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a11.cif.gz	319 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a11.ent.gz	260.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a11_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a11_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8a11_validation.xml.gz	67.8 KB	表示
CIF形式データ	8a11_validation.cif.gz	99.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/8a11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/8a11	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	15065MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic

B: Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic

C: Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic

D: Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic

ヘテロ分子

214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, native gel electrophoresis, gel filtration, only for the protein tetramer

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic / SHMT / Glycine hydroxymethyltransferase / Serine methylase 分子量: 53434.797 Da / 分子数: 4 / 変異: Chain B has not PLP bond to the active site / 由来タイプ: 組換発現詳細: first 3 N-ter residues come from removal of His-tag. Sequence numbering starts from first M residue. K257 is covalently bound to PLP forming an internal aldimine (LLP) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHMT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P34896, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: human SHMT1 in complex with RNA (SHMT2 5' UTR 1-50) / タイプ: COMPLEX / 詳細: SHMT1= homotetramer of 53kDa subunits / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

ID	Entity assembly-ID	値 (°)	実験値
1	1	0.21 MDa	NO
2	1	53 kDa/nm	NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.2

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	150 mM	Sodium Chloride	NaCl	1
2	20 mM	Hepes	C₈H₁₈N₂O₄S	1

試料

濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blotted for 4 seconds before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5450

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION	3.1	粒子像選択
2	EPU	2.8	画像取得
4	CTFFIND	4	CTF補正
7	UCSF Chimera		モデルフィッティング
8	Coot	0.9.6	モデルフィッティング
10	RELION	3.1	初期オイラー角割当
11	RELION	3.1	最終オイラー角割当
12	RELION	3.1	分類
13	RELION	3.1	３次元再構成
20	PHENIX	1-17-1-3660	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 4900000

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94430 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 132 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 1BJ4

1bj4

PDB chain-ID: A / Accession code: 1BJ4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 133.31 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0015	14943
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.4104	20257
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0353	2247
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	4488
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	9.0366	2147

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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