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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zz0 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of "CT empty" conformation of Lactococcus lactis pyruvate carboxylase with acetyl-CoA | |||||||||
要素 | Pyruvate carboxylaseピルビン酸カルボキシラーゼ | |||||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Tetramer (四量体) / carboxylase (カルボキシル化) / biotin (ビオチン) / inhibitor (酵素阻害剤) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ピルビン酸カルボキシラーゼ / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / 糖新生 / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lactococcus lactis (乳酸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.26 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Alonso, J.P. / Lazaro, M. / Gil, D. / Choi, P.H. / Tong, L. / Valle, M. | |||||||||
資金援助 | フランス, スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: CryoEM structural exploration of catalytically active enzyme pyruvate carboxylase. 著者: Jorge Pedro López-Alonso / Melisa Lázaro / David Gil-Cartón / Philip H Choi / Alexandra Dodu / Liang Tong / Mikel Valle / 要旨: Pyruvate carboxylase (PC) is a tetrameric enzyme that contains two active sites per subunit that catalyze two consecutive reactions. A mobile domain with an attached prosthetic biotin links both ...Pyruvate carboxylase (PC) is a tetrameric enzyme that contains two active sites per subunit that catalyze two consecutive reactions. A mobile domain with an attached prosthetic biotin links both reactions, an initial biotin carboxylation and the subsequent carboxyl transfer to pyruvate substrate to produce oxaloacetate. Reaction sites are at long distance, and there are several co-factors that play as allosteric regulators. Here, using cryoEM we explore the structure of active PC tetramers focusing on active sites and on the conformational space of the oligomers. The results capture the mobile domain at both active sites and expose catalytic steps of both reactions at high resolution, allowing the identification of substrates and products. The analysis of catalytically active PC tetramers reveals the role of certain motions during enzyme functioning, and the structural changes in the presence of additional cofactors expose the mechanism for allosteric regulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zz0.cif.gz | 130.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zz0.ent.gz | 94 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zz0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/7zz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/7zz0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 15030MC 7zyyC 7zyzC 7zz1C 7zz2C 7zz3C 7zz4C 7zz5C 7zz6C 7zz8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 127349.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: BW154_09950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2A9IR05, ピルビン酸カルボキシラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-MN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pyruvate carboxylase with acetyl coenzyme A / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 3.99 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10518 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4578464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118294 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5VYW | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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