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万見
- PDB-7zyz: Cryo-EM structure of "CT oxa" conformation of Lactococcus lactis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zyz
タイトルCryo-EM structure of "CT oxa" conformation of Lactococcus lactis pyruvate carboxylase with acetyl-CoA
要素Pyruvate carboxylaseピルビン酸カルボキシラーゼ
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Tetramer (四量体) / carboxylase (カルボキシル化) / biotin (ビオチン) / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


ピルビン酸カルボキシラーゼ / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / 糖新生 / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ピルビン酸カルボキシラーゼ / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / ピルビン酸カルボキシラーゼ / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain ...ピルビン酸カルボキシラーゼ / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / ピルビン酸カルボキシラーゼ / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXALOACETATE ION / ピルビン酸カルボキシラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Lopez-Alonso, J.P. / Lazaro, M. / Gil, D. / Choi, P.H. / Tong, L. / Valle, M.
資金援助 フランス, スペイン, 2件
組織認可番号国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGP0062/2016 フランス
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPGC2018-098996-B-100 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: CryoEM structural exploration of catalytically active enzyme pyruvate carboxylase.
著者: Jorge Pedro López-Alonso / Melisa Lázaro / David Gil-Cartón / Philip H Choi / Alexandra Dodu / Liang Tong / Mikel Valle /
要旨: Pyruvate carboxylase (PC) is a tetrameric enzyme that contains two active sites per subunit that catalyze two consecutive reactions. A mobile domain with an attached prosthetic biotin links both ...Pyruvate carboxylase (PC) is a tetrameric enzyme that contains two active sites per subunit that catalyze two consecutive reactions. A mobile domain with an attached prosthetic biotin links both reactions, an initial biotin carboxylation and the subsequent carboxyl transfer to pyruvate substrate to produce oxaloacetate. Reaction sites are at long distance, and there are several co-factors that play as allosteric regulators. Here, using cryoEM we explore the structure of active PC tetramers focusing on active sites and on the conformational space of the oligomers. The results capture the mobile domain at both active sites and expose catalytic steps of both reactions at high resolution, allowing the identification of substrates and products. The analysis of catalytically active PC tetramers reveals the role of certain motions during enzyme functioning, and the structural changes in the presence of additional cofactors expose the mechanism for allosteric regulation.
履歴
登録2022年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,5363
ポリマ－127,3501
非ポリマー1862
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate carboxylase / ピルビン酸カルボキシラーゼ


分子量: 127349.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: BW154_09950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2A9IR05, ピルビン酸カルボキシラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION / オキサロ酢酸


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pyruvate carboxylase with acetyl coenzyme A / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
220 mMTris hydrochlorideTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
42 mMDithiothreitolジチオトレイトールDTT1
52 mMacetyl coenzyme AアセチルCoA1
620 mMpyruvateピルビン酸1
72 mMadenosine triphosphateアデノシン三リン酸ATPアデノシン三リン酸1
810 mMpotassium bicarbonateKHCO31
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 3.99 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10518

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.6粒子像選択
2EPU2.4.0.54画像取得
4CTFFIND4.1.5CTF補正
7PHENIX1.18.2モデルフィッティング
9PHENIX1.18.2モデル精密化
10RELION3.06初期オイラー角割当
11RELION3.1.0最終オイラー角割当
12RELION3.1.0分類
13RELION3.06３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4578464
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120548 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5VYW

5vyw

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0075700
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6887682
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.375756
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.047842
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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