PDB-7zyl: Avidin + Biotin-Tempo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zyl

タイトル

Avidin + Biotin-Tempo

要素

Avidin

キーワード

PROTEIN BINDING / Avidin / Biotin / TEMPO free radical

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Milani, J. / Myasnikov, A. / Beckert, B. / Nazarov, S. / Ansermet, J.P. / Saenz, F.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Avidin + Biotin-Tempo
著者: Milani, J. / Myasnikov, A. / Beckert, B. / Nazarov, S. / Ansermet, J.P. / Saenz, F.

履歴

登録	2022年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zyl.cif.gz	110.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zyl.ent.gz	87.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zyl_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zyl_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7zyl_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	7zyl_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	15026MC 7zn1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Avidin

B: Avidin

C: Avidin

D: Avidin

ヘテロ分子

70.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質

Avidin

分子量: 16787.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-KFL / 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)hexanamide

分子量: 412.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₆N₄O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Avidin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量	値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
由来(組換発現)	生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
緩衝液	pH: 7
試料	濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 10 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 270000 X / 倍率（補正後）: 311110 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 900 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大デフォーカス（補正後）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 86 K / Residual tilt: 0.1 mradians
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン	サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU	2.11	画像取得
4	cryoSPARC	3.3.2	CTF補正
9	cryoSPARC	3.3.2	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	3.3.2	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	3.3.2	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1421399

対称性

点対称性: D₂ (2回x2回 2面回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 623000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.01 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	4072
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.535	5536
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	17.379	608
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.046	656
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	672

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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