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- PDB-7znn: Cryo-EM structure of RCMV-E E27 bound to human DDB1 (deltaBPB) an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7znn
タイトルCryo-EM structure of RCMV-E E27 bound to human DDB1 (deltaBPB) and full-length rat STAT2
要素
  • B27a
  • DNA damage-binding protein 1
  • Signal transducer and activator of transcription
キーワードVIRUS / Interferon / ubiquitin-proteasome system / Cullin-RING ubiquitin ligases (CRL) / DDB1 / DCAFs / viral DCAF (vDCAF) / cytomegalovirus / STAT2 / IRF9
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-20 family signaling / Interferon alpha/beta signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / ISGF3 complex / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont ...Interleukin-20 family signaling / Interferon alpha/beta signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / ISGF3 complex / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of mitochondrial fission / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / ubiquitin-like protein ligase binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cullin family protein binding / viral release from host cell / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of gluconeogenesis / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of protein phosphorylation / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / defense response / response to peptide hormone / cytokine-mediated signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / site of double-strand break / regulation of cell population proliferation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
U5-like protein, herpesvirus / Herpesvirus U5-like family / Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain ...U5-like protein, herpesvirus / Herpesvirus U5-like family / Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
B27a / DNA damage-binding protein 1 / Signal transducer and activator of transcription
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Murid betaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Lauer, S. / Spahn, C.M.T. / Schwefel, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHW 1851/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Structural mechanism of CRL4-instructed STAT2 degradation via a novel cytomegaloviral DCAF receptor.
著者: Vu Thuy Khanh Le-Trilling / Sofia Banchenko / Darius Paydar / Pia Madeleine Leipe / Lukas Binting / Simon Lauer / Andrea Graziadei / Robin Klingen / Christine Gotthold / Jörg Bürger / Thilo ...著者: Vu Thuy Khanh Le-Trilling / Sofia Banchenko / Darius Paydar / Pia Madeleine Leipe / Lukas Binting / Simon Lauer / Andrea Graziadei / Robin Klingen / Christine Gotthold / Jörg Bürger / Thilo Bracht / Barbara Sitek / Robert Jan Lebbink / Anna Malyshkina / Thorsten Mielke / Juri Rappsilber / Christian Mt Spahn / Sebastian Voigt / Mirko Trilling / David Schwefel /
要旨: Human cytomegalovirus (CMV) is a ubiquitously distributed pathogen whose rodent counterparts such as mouse and rat CMV serve as common infection models. Here, we conducted global proteome profiling ...Human cytomegalovirus (CMV) is a ubiquitously distributed pathogen whose rodent counterparts such as mouse and rat CMV serve as common infection models. Here, we conducted global proteome profiling of rat CMV-infected cells and uncovered a pronounced loss of the transcription factor STAT2, which is crucial for antiviral interferon signalling. Via deletion mutagenesis, we found that the viral protein E27 is required for CMV-induced STAT2 depletion. Cellular and in vitro analyses showed that E27 exploits host-cell Cullin4-RING ubiquitin ligase (CRL4) complexes to induce poly-ubiquitylation and proteasomal degradation of STAT2. Cryo-electron microscopy revealed how E27 mimics molecular surface properties of cellular CRL4 substrate receptors called DCAFs (DDB1- and Cullin4-associated factors), thereby displacing them from the catalytic core of CRL4. Moreover, structural analyses showed that E27 recruits STAT2 through a bipartite binding interface, which partially overlaps with the IRF9 binding site. Structure-based mutations in M27, the murine CMV homologue of E27, impair the interferon-suppressing capacity and virus replication in mouse models, supporting the conserved importance of DCAF mimicry for CMV immune evasion.
履歴
登録2022年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-binding protein 1
B: B27a
D: Signal transducer and activator of transcription
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,2524
ポリマ－267,1863
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area7210 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area79470 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 93671.461 Da / 分子数: 1
変異: Residues 396-705 have been replaced by a GNGNSG-linker
由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 396-705 from the reference database entry UNP Q16531 have been replaced by a GNGNSG-linker,Residues 396-705 from the reference database entry UNP Q16531 have been replaced by a GNGNSG-linker
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#2: タンパク質 B27a / E27a


分子量: 76341.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid betaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
株: isolate England / 遺伝子: E27a, B27a / プラスミド: pHisSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: K7Y9Z1
#3: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription


分子量: 97172.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stat2 / プラスミド: pHisSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5XI26
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Ternary complex of RCMV-E E27 with human DDB1 (deltaBPB) and rat STAT2COMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2DNA damage-binding protein 1COMPLEX#11RECOMBINANTdelta396-705 GNGNSG
3E27COMPLEX#21RECOMBINANT
4Signal transducer and activator of transcriptionCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.267 MDaNO
210.1 MDaNO
310.1 MDaNO
410.1 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Murid betaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)1261657
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Murid betaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)1261657
54Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞
21Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008Rosetta2(DE3)
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108Sf9
43Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008Rosetta2(DE3)
54Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008Rosetta2(DE3)
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris HydrochlorideTris-HCl1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
34 mMMagnesium ChlorideMgCl21
40.5 mMTCEPTCEP1
試料濃度: 0.13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 45 seconds adsorption 2 seconds blot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 31000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 8069
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.9.5モデルフィッティング
9RELION3.0.7初期オイラー角割当
10RELION3.0.7最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.1分類
12cryoSPARC3.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 974291
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31976 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 112 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
Target criteria: Fast gradient-driven minimization of combined map and restraints target
原子モデル構築PDB-ID: 6ZUE

6zue


Accession code: 6ZUE / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315215
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.77620540
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.2715753
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422300
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032640

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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