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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zjw | |||||||||
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タイトル | Rabbit 80S ribosome as it decodes the Sec-UGA codon | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Selenocysteine / recoding / 80S | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 forebrain neuron development / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / selenocysteine incorporation / selenocysteine insertion sequence binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...forebrain neuron development / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / selenocysteine incorporation / selenocysteine insertion sequence binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / striatum development / negative regulation of RNA splicing / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / exit from mitosis / laminin receptor activity / optic nerve development / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / organelle membrane / activation-induced cell death of T cells / Protein hydroxylation / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / T cell proliferation involved in immune response / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein-RNA complex assembly / translation elongation factor activity / erythrocyte development / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribonucleoprotein complex binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / laminin binding / cytosolic ribosome / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / maturation of LSU-rRNA / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / mRNA 3'-UTR binding / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / spindle / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / protein tag activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosomal small subunit biogenesis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / glucose homeostasis / retina development in camera-type eye / regulation of translation / heparin binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) Cricket paralysis virus (ウイルス) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hilal, T. / Simonovic, M. / Spahn, C.M.T. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structure of the mammalian ribosome as it decodes the selenocysteine UGA codon. 著者: Tarek Hilal / Benjamin Y Killam / Milica Grozdanović / Malgorzata Dobosz-Bartoszek / Justus Loerke / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Paul R Copeland / Miljan Simonović / Christian M T Spahn / 要旨: The elongation of eukaryotic selenoproteins relies on a poorly understood process of interpreting in-frame UGA stop codons as selenocysteine (Sec). We used cryo-electron microscopy to visualize Sec ...The elongation of eukaryotic selenoproteins relies on a poorly understood process of interpreting in-frame UGA stop codons as selenocysteine (Sec). We used cryo-electron microscopy to visualize Sec UGA recoding in mammals. A complex between the noncoding Sec-insertion sequence (SECIS), SECIS-binding protein 2 (SBP2), and 40 ribosomal subunit enables Sec-specific elongation factor eEFSec to deliver Sec. eEFSec and SBP2 do not interact directly but rather deploy their carboxyl-terminal domains to engage with the opposite ends of the SECIS. By using its Lys-rich and carboxyl-terminal segments, the ribosomal protein eS31 simultaneously interacts with Sec-specific transfer RNA (tRNA) and SBP2, which further stabilizes the assembly. eEFSec is indiscriminate toward l-serine and facilitates its misincorporation at Sec UGA codons. Our results support a fundamentally distinct mechanism of Sec UGA recoding in eukaryotes from that in bacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zjw.cif.gz | 5.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zjw.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7zjw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zjw_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zjw_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zjw_validation.xml.gz | 335.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zjw_validation.cif.gz | 610.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zjw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14751MC 7zjxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 EBLGSG
#1: タンパク質 | 分子量: 67564.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57772 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 95640.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T21 |
#12: タンパク質 | 分子量: 34523.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6 |
#58: タンパク質 | 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2K6K8B0 |
-RNA鎖 , 7種, 7分子 FISL5L7L8S2
#2: RNA鎖 | 分子量: 28908.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 436409 |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 345547.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cricket paralysis virus (ウイルス) |
#4: RNA鎖 | 分子量: 275721.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: GenBank: 25123295 |
#6: RNA鎖 | 分子量: 1557505.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#7: RNA鎖 | 分子量: 38346.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 39 |
#8: RNA鎖 | 分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 57148 |
#52: RNA鎖 | 分子量: 603814.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 37956930 |
+60S ribosomal Protein ... , 43種, 43分子 LDLELFLHLILJLKLLLMLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLdLeLfLgLhLi...
+40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 SBSCSDSESHSLSMSNSOSPSRSSSTSUSVSWSXSYSZSaSbScSdSeSfSgShSiSjSk
-Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 SFSQ
#57: タンパク質 | 分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2K5LQY6 |
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#65: タンパク質 | 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9DBR8 |
-非ポリマー , 7種, 363分子
#87: 化合物 | #88: 化合物 | ChemComp-SER / | #89: 化合物 | ChemComp-MG / #90: 化合物 | ChemComp-K / #91: 化合物 | ChemComp-ZN / #92: 化合物 | ChemComp-NA / | #93: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 3.5 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13921 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1685923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77142 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7O7Y Accession code: 7O7Y / Source name: PDB / タイプ: experimental model |