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- PDB-7zjx: Rabbit 80S ribosome programmed with SECIS and SBP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zjx
タイトルRabbit 80S ribosome programmed with SECIS and SBP2
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 29
  • (60S ribosomal Protein ...) x 34
  • (Ribosomal protein ...) x 7
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • CrPV IRES
  • GPX4 SECIS element
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
  • Ribosomal protein
  • Ribosomal_L18_c domain-containing protein
  • Ribosomal_L23eN domain-containing protein
  • S10_plectin domain-containing protein
  • Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2
  • Ubiquitin carboxyl extension protein 80
キーワードRIBOSOME / Selenocysteine / recoding / 80S
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain neuron development / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / selenocysteine insertion sequence binding / selenocysteine incorporation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...forebrain neuron development / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / selenocysteine insertion sequence binding / selenocysteine incorporation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / striatum development / ribosomal subunit / mRNA stabilization / RNA catabolic process / negative regulation of RNA splicing / negative regulation of bicellular tight junction assembly / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / laminin receptor activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / organelle membrane / TOR signaling / Protein hydroxylation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / cellular response to ethanol / mTORC1-mediated signalling / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribonucleoprotein complex binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein-RNA complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / maturation of LSU-rRNA / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / ribosomal small subunit export from nucleus / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA 3'-UTR binding / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / response to insulin / GABA-ergic synapse / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / glucose homeostasis / heparin binding / regulation of translation / presynapse / large ribosomal subunit / ribosome binding / virus receptor activity / cell body / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / perikaryon / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / killing of cells of another organism / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2 / : / : / : / 40S ribosomal protein SA / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI ...Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2 / : / : / : / 40S ribosomal protein SA / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / : / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L13e / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L13e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL13 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L36 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS7 / KOW domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein eL43 / 40S ribosomal protein S24 / Ribosomal protein L36a / 40S ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS11 / 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Cricket paralysis virus (ウイルス)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hilal, T. / Simonovic, M. / Spahn, C.M.T.
資金援助 ドイツ, 米国, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB740, FOR1805 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097042, GM077073 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of the mammalian ribosome as it decodes the selenocysteine UGA codon.
著者: Tarek Hilal / Benjamin Y Killam / Milica Grozdanović / Malgorzata Dobosz-Bartoszek / Justus Loerke / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Paul R Copeland / Miljan Simonović / Christian M T Spahn /
要旨: The elongation of eukaryotic selenoproteins relies on a poorly understood process of interpreting in-frame UGA stop codons as selenocysteine (Sec). We used cryo-electron microscopy to visualize Sec ...The elongation of eukaryotic selenoproteins relies on a poorly understood process of interpreting in-frame UGA stop codons as selenocysteine (Sec). We used cryo-electron microscopy to visualize Sec UGA recoding in mammals. A complex between the noncoding Sec-insertion sequence (SECIS), SECIS-binding protein 2 (SBP2), and 40 ribosomal subunit enables Sec-specific elongation factor eEFSec to deliver Sec. eEFSec and SBP2 do not interact directly but rather deploy their carboxyl-terminal domains to engage with the opposite ends of the SECIS. By using its Lys-rich and carboxyl-terminal segments, the ribosomal protein eS31 simultaneously interacts with Sec-specific transfer RNA (tRNA) and SBP2, which further stabilizes the assembly. eEFSec is indiscriminate toward l-serine and facilitates its misincorporation at Sec UGA codons. Our results support a fundamentally distinct mechanism of Sec UGA recoding in eukaryotes from that in bacteria.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月7日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月7日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年9月7日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年9月7日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月7日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年9月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_entity_assembly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_entity_assembly.source / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order
改定 2.22025年10月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details ...em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2
I: CrPV IRES
L5: 28S rRNA
L7: 5S rRNA
L8: 5.8S rRNA
LD: 60S ribosomal protein uL2
LE: 60S ribosomal protein uL3
LF: 60S ribosomal protein L4
LG: Ribosomal_L18_c domain-containing protein
LH: 60S ribosomal protein L6
LI: 60S ribosomal Protein uL30
LJ: 60S ribosomal protein eL8
LK: 60S ribosomal protein L9
LL: Ribosomal protein L10
LM: 60S ribosomal protein L11
LO: 60S ribosomal protein eL13
LP: 60S ribosomal protein L14
LQ: Ribosomal protein L15
LR: 60S ribosomal protein uL13
LS: 60S ribosomal protein uL22
LT: 60S ribosomal Protein eL18
LU: 60S ribosomal protein L19
LV: 60S ribosomal protein eL20
LW: 60S ribosomal protein L21
LX: 60S ribosomal protein eL22
LY: 60S ribosomal protein L23
LZ: Ribosomal protein L24
La: Ribosomal_L23eN domain-containing protein
Lb: Ribosomal protein L26
Lc: 60S ribosomal protein L27
Ld: 60S ribosomal protein L27a
Le: 60S ribosomal protein L29
Lf: 60S ribosomal protein L30
Lg: 60S ribosomal protein L31
Lh: Ribosomal protein L32
Li: 60S ribosomal protein L35a
Lj: 60S ribosomal protein L34
Lk: 60S ribosomal protein L35
Ll: 60S ribosomal protein L36
Lm: Ribosomal protein L37
Ln: 60S ribosomal protein L38
Lo: 60S ribosomal protein eL39
Lp: 60S ribosomal protein L40
Lq: 60S ribosomal protein eL42
Lr: 60S ribosomal protein eL43
Ls: 60S ribosomal protein eL28
Lx: Ribosomal protein
S: GPX4 SECIS element
S2: 18S rRNA
SB: 40S ribosomal protein S27
SC: 40S ribosomal protein S28
SD: Ubiquitin carboxyl extension protein 80
SE: 40S ribosomal protein S30
SF: 40S ribosomal protein eS26
SG: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
SH: 40S ribosomal protein S29
SL: 40S ribosomal protein SA
SM: 40S ribosomal protein S3a
SN: 40S ribosomal protein uS5
SO: 40S ribosomal protein S3
SP: 40S ribosomal protein S4
SQ: Ribosomal protein S5
SR: 40S ribosomal protein S6
SS: 40S ribosomal protein S7
ST: 40S ribosomal protein S8
SU: 40S ribosomal protein S9
SV: S10_plectin domain-containing protein
SW: 40S ribosomal protein S11
SX: 40S ribosomal protein S12
SY: 40S ribosomal protein S13
SZ: 40S ribosomal protein uS11
Sa: 40S ribosomal protein S15
Sb: 40S ribosomal protein uS9
Sc: 40S ribosomal protein S17
Sd: 40S ribosomal protein S18
Se: 40S Ribosomal protein eS19
Sf: 40S ribosomal protein S20
Sg: 40S ribosomal protein eS21
Sh: 40S ribosomal protein S15a
Si: 40S ribosomal protein S23
Sj: 40S ribosomal protein S24
Sk: 40S ribosomal protein S25
Sl: 60S ribosomal protein L41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,195,45291
ポリマ－4,194,92883
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 7種, 7分子 BLGLaLxSDSGSV

#1: タンパク質 Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2 / SECIS-binding protein 2


分子量: 95640.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SECISBP2, SBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T21
#9: タンパク質 Ribosomal_L18_c domain-containing protein


分子量: 34523.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#28: タンパク質 Ribosomal_L23eN domain-containing protein


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#47: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 24875.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8
#52: タンパク質 Ubiquitin carboxyl extension protein 80 / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8C0T835
#55: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2K6K8B0
#67: タンパク質 S10_plectin domain-containing protein


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 IL5L7L8SS2

#2: RNA鎖 CrPV IRES


分子量: 52131.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cricket paralysis virus (ウイルス)
#3: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1557505.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38851.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 39
#5: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 57148
#48: RNA鎖 GPX4 SECIS element


分子量: 275721.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: GenBank: 25123295
#49: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603814.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 37956930

+
60S ribosomal Protein ... , 34種, 34分子 LDLELFLHLILJLKLMLOLPLRLSLTLULVLWLXLYLcLdLeLfLgLiLjLkLlLnLoLp...

#6: タンパク質 60S ribosomal protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8B8VPA8
#7: タンパク質 60S ribosomal protein uL3


分子量: 46120.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 46430.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#11: タンパク質 60S ribosomal Protein uL30


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A7J8C453
#12: タンパク質 60S ribosomal protein eL8


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P62424
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#16: タンパク質 60S ribosomal protein eL13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TKB3
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#19: タンパク質 60S ribosomal protein uL13


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A0N8ETI8
#20: タンパク質 60S ribosomal protein uL22


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8J4KQ25
#21: タンパク質 60S ribosomal Protein eL18


分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: F6QKI9
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2J8KH59
#23: タンパク質 60S ribosomal protein eL20


分子量: 20749.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1Z5LHJ5
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#25: タンパク質 60S ribosomal protein eL22


分子量: 14756.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q4R5I3
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A3P9HH38
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A851LWS6
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16620.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 26721.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXG5
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1S3FQR5
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1A7W9T9
#42: タンパク質 60S ribosomal protein eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L40


分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8C8Y9V5
#44: タンパク質 60S ribosomal protein eL42


分子量: 12489.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A7J7V6K8
#45: タンパク質 60S ribosomal protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A6I9ZMF9
#46: タンパク質 60S ribosomal protein eL28


分子量: 15844.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A4U1EJN3
#83: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

-
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LLLQLZLbLhLmSQ

#14: タンパク質 Ribosomal protein L10


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#18: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#27: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#29: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5N3X333
#35: タンパク質 Ribosomal protein L32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#40: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#62: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9DBR8

+
40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SBSCSESFSHSLSMSNSOSPSRSSSTSUSWSXSYSZSaSbScSdSeSfSgShSiSjSk

#50: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A7J8BG50
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A3M0JHZ8
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#54: タンパク質 40S ribosomal protein eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2K5LQY6
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#57: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32970.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#59: タンパク質 40S ribosomal protein uS5


分子量: 31285.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: O18789
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q76N24
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P62753
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q5E958
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A663F1C0
#71: タンパク質 40S ribosomal protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A7L0BEC6
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#73: タンパク質 40S ribosomal protein uS9


分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17801.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: H0WTR0
#76: タンパク質 40S Ribosomal protein eS19


分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2Y9E7Q1
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#78: タンパク質 40S ribosomal protein eS21


分子量: 9181.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1Z5KTU7
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A6J1UT65
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2U4BVW1

-
非ポリマー , 1種, 8分子

#84: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
180S-SBP2-SECISCOMPLEX#1-#830MULTIPLE SOURCES
2Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2COMPLEX#11RECOMBINANT
380S RibosomeRIBOSOME#3-#47, #49-#831NATURAL
4CrPV IRESCOMPLEX#21RECOMBINANT
5GPX4 SECIS elementCOMPLEX#481RECOMBINANT
分子量値: 3.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
34Cricket paralysis virus (ウイルス)12136
45Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
53Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
24Synthetic construct (人工物)32630
35Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6908

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7PHENIX1.19.2モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2モデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cisTEM分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 179421
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39295 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7O7Y

7o7y


Accession code: 7O7Y / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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