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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zj7 | |||||||||
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タイトル | X-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 4.8 | |||||||||
要素 | Hemagglutinin,Fibritin | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / virus envelope / receptor binding / membrane fusion | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / virion component / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Tequatrovirus T4 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Garcia-Moro, E. / Rosenthal, P.B. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Reversible structural changes in the influenza hemagglutinin precursor at membrane fusion pH. 著者: Eva Garcia-Moro / Jie Zhang / Lesley J Calder / Nick R Brown / Steven J Gamblin / John J Skehel / Peter B Rosenthal / 要旨: The subunits of the influenza hemagglutinin (HA) trimer are synthesized as single-chain precursors (HA0s) that are proteolytically cleaved into the disulfide-linked polypeptides HA1 and HA2. Cleavage ...The subunits of the influenza hemagglutinin (HA) trimer are synthesized as single-chain precursors (HA0s) that are proteolytically cleaved into the disulfide-linked polypeptides HA1 and HA2. Cleavage is required for activation of membrane fusion at low pH, which occurs at the beginning of infection following transfer of cell-surface-bound viruses into endosomes. Activation results in extensive changes in the conformation of cleaved HA. To establish the overall contribution of cleavage to the mechanism of HA-mediated membrane fusion, we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to directly image HA0 at neutral and low pH. We found extensive pH-induced structural changes, some of which were similar to those described for intermediates in the refolding of cleaved HA at low pH. They involve a partial extension of the long central coiled coil formed by melting of the preexisting secondary structure, threading it between the membrane-distal domains, and subsequent refolding as extended helices. The fusion peptide, covalently linked at its N terminus, adopts an amphipathic helical conformation over part of its length and is repositioned and packed against a complementary surface groove of conserved residues. Furthermore, and in contrast to cleaved HA, the changes in HA0 structure at low pH are reversible on reincubation at neutral pH. We discuss the implications of covalently restricted HA0 refolding for the cleaved HA conformational changes that mediate membrane fusion and for the action of antiviral drug candidates and cross-reactive anti-HA antibodies that can block influenza infectivity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zj7.cif.gz | 297 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zj7.ent.gz | 248 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zj7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zj7_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zj7_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zj7_validation.xml.gz | 52.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zj7_validation.cif.gz | 73.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zj7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14743MC 7zj6C 7zj8C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62027.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a ...詳細: T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification. 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Aichi/2/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Tequatrovirus T4 (ウイルス) 株: A/Aichi/2/1968 H3N2 / 遺伝子: HA, wac / 詳細 (発現宿主): C-terminal His8-tag / Cell (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03437, UniProt: P10104 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0) / タイプ: COMPLEX 詳細: Uncleaved precursor form of the X-31 influenza hemagglutinin with the T4 fibritin foldon attached to the C-terminus. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 4.8 | |||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample protein tended to aggregate and bind to the carbon film. 0.1% b-octyl glucoside was added. | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4s blot |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 41.15 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 33977 詳細: 15696 images on session 1, 18281 images on session 2. |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.2/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Images were subject to whole-frame motion correction and dose weighting. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1235000 / 詳細: 646k from session 1, 589k from session 2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: CryoSPARC Non-uniform Refinement. / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 180 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6Y5K |