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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zj5 | ||||||
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タイトル | Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile. | ||||||
![]() | brocolli-pepper aptamer | ||||||
![]() | RNA / origami / aptamer / fret | ||||||
機能・相同性 | : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.55 Å | ||||||
![]() | McRae, E.K.S. / Vallina, N.S. / Hansen, B.K. / Boussebayle, A. / Andersen, E.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure determination of Pepper-Broccoli FRET pair by RNA origami scaffolding 著者: McRae, E.K.S. / Vallina, N.S. / Hansen, B.K. / Boussebayle, A. / Andersen, E.S. #1: ![]() タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography. 著者: Afonine, P.V. / Poon, B.K. / Read, R.J. / Sobolev, O.V. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Adams, P.D. #2: ![]() タイトル: ISOLDE: a physically realistic environment for model building into low-resolution electron-density maps. 著者: Croll, T.I. #3: ![]() タイトル: cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination. 著者: Punjani, A. / Rubinstein, J.L. / Fleet, D.J. / Brubaker, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 268 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14741MC ![]() 7zj4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 120700.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-K / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.12 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 40mM HEPES pH 7.5, 5mM MgCl2, 50mM KCl. Filtered through 0.22 um filter. |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample was purified by size exclusion chromatography. |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K 詳細: 3 uL sample, blotted onto double layer of whatman filter paper for 6 seconds. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1605 詳細: Collected with a calibrated pixel size of 0.647 Angstrom |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 478981 詳細: Picked from templates generated from an ab initio model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51278 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: Local refinement was performed in cryoSPARC using a mask that covers the entire particle volume クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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