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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zi4 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human INO80 complex bound to a WT nucleosome | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / chromatin remodeler / transcription / replication / DNA repair | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body ...positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of double-strand break repair / Ino80 complex / UV-damage excision repair / Telomere Extension By Telomerase / protein folding chaperone complex / box C/D snoRNP assembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of DNA replication / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / mitotic sister chromatid segregation / protein localization to CENP-A containing chromatin / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of embryonic development / CENP-A containing nucleosome / MLL1 complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / alpha-tubulin binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / positive regulation of DNA repair / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / spindle assembly / Packaging Of Telomere Ends / ATP-dependent activity, acting on DNA / lipoxygenase pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / telomere organization / arachidonate metabolic process / Chromatin modifying enzymes / lipid oxidation / regulation of DNA repair / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / hepoxilin biosynthetic process / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / linoleic acid metabolic process / Meiotic synapsis / Inhibition of DNA recombination at telomere / nucleosomal DNA binding / cellular response to estradiol stimulus / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / TBP-class protein binding / DNA helicase activity / telomere maintenance / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / Meiotic recombination / innate immune response in mucosa / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / cellular response to ionizing radiation / Transcriptional regulation by small RNAs / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HDMs demethylate histones / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / HCMV Early Events / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / double-strand break repair via homologous recombination / DNA Damage Recognition in GG-NER / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / euchromatin / heterochromatin formation / chromatin DNA binding / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Metalloprotease DUBs / ADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Vance, N.R. / Ayala, R. / Willhoft, O. / Tvardovskiy, A. / McCormack, E.A. / Bartke, T. / Zhang, X. / Wigley, D.B. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the human INO80 complex bound to a WT nucleosome 著者: Vance, N.R. / Ayala, R. / Willhoft, O. / Tvardovskiy, A. / McCormack, E.A. / Bartke, T. / Zhang, X. / Wigley, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zi4.cif.gz | 989.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zi4.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7zi4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zi4_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zi4_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zi4_validation.xml.gz | 135 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zi4_validation.cif.gz | 208.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zi4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14737MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 8種, 16分子 ACEBDFGNJHIMKOLP
#1: タンパク質 | 分子量: 50296.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL1, INO80H, NMP238, TIP49, TIP49A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y265, DNA helicase #2: タンパク質 | 分子量: 51222.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL2, INO80J, TIP48, TIP49B, CGI-46 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y230, DNA helicase #3: タンパク質 | | 分子量: 177032.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INO80, INO80A, INOC1, KIAA1259 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9ULG1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #4: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805 #6: タンパク質 | | 分子量: 68372.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTR5, ARP5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9H9F9 #8: タンパク質 | 分子量: 15437.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: HIST1H3A, H3FA, HIST1H3B, H3FL, HIST1H3C, H3FC, HIST1H3D, H3FB, HIST1H3E, H3FD, HIST1H3F, H3FI, HIST1H3G, H3FH, HIST1H3H, H3FK, HIST1H3I, H3FF, HIST1H3J, H3FJ 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68431 #9: タンパク質 | 分子量: 14165.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2AB, H2AFM, HIST1H2AE, H2AFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908 #10: タンパク質 | 分子量: 13935.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2BJ, H2BFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899 |
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-INO80 complex subunit ... , 2種, 2分子 RQ
#5: タンパク質 | 分子量: 38704.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INO80B, HMGA1L4, PAPA1, ZNHIT4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9C086 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 20672.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INO80C, C18orf37 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6PI98 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#11: DNA鎖 | 分子量: 48569.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#12: DNA鎖 | 分子量: 48975.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 10分子
#13: 化合物 | ChemComp-ADP / #14: 化合物 | ChemComp-BEF / | #15: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of human INO80core bound to a WT nucleosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.0 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: 4uL of sample applied to Quantifoil R2/2 Cu 300 mesh grids. blot parameters were wait time 30 sec, blot time 0.5 sec, blot force -8 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 88000 X / 倍率(補正後): 88000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 77.15 K / 最低温度: 77.15 K |
撮影 | 平均露光時間: 5.1 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9760 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3647005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 156300 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6HTS Accession code: 6HTS / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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