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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zgu | ||||||
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タイトル | Human NLRP3-deltaPYD hexamer | ||||||
要素 | NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / INFLAMMASOME / IMMUNITY / NOD-LIKE RECEPTOR / NACHT / LRR / PYD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 molecular sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / NLRP3 inflammasome complex / positive regulation of type 2 immune response ...molecular sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / NLRP3 inflammasome complex / positive regulation of type 2 immune response / osmosensory signaling pathway / peptidoglycan binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / pattern recognition receptor signaling pathway / microtubule organizing center / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-4 production / pyroptotic inflammatory response / negative regulation of acute inflammatory response / protein maturation / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to virus / ADP binding / Metalloprotease DUBs / defense response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / molecular adaptor activity / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Raisch, T. / Machtens, D.A. / Bresch, I.B. / Eberhage, J. / Prumbaum, D. / Reubold, T.F. / Raunser, S. / Eschenburg, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the NEK7-independent NLRP3 inflammasome 著者: Raisch, T. / Machtens, D.A. / Bresch, I.B. / Eberhage, J. / Prumbaum, D. / Reubold, T.F. / Raunser, S. / Eschenburg, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zgu.cif.gz | 858.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zgu.ent.gz | 693.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zgu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zgu_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zgu_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zgu_validation.xml.gz | 140 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zgu_validation.cif.gz | 203.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14713MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 105169.375 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP3, C1orf7, CIAS1, NALP3, PYPAF1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96P20 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NLRP3 hexamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.075 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 99 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Cs-corrected microscope |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4085: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 871597 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124523 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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