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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zcx | |||||||||
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タイトル | S-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 4.0 | |||||||||
![]() | S-layer protein A | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / S-layer / dimer / N-glycosylation | |||||||||
機能・相同性 | : / S-layer / extracellular region / 6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose / S-layer protein A![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Gambelli, L. / Isupov, M.N. / Daum, B. | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the two-component S-layer of the archaeon . 著者: Lavinia Gambelli / Mathew McLaren / Rebecca Conners / Kelly Sanders / Matthew C Gaines / Lewis Clark / Vicki A M Gold / Daniel Kattnig / Mateusz Sikora / Cyril Hanus / Michail N Isupov / Bertram Daum / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell ...Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell wall and thus act as the final frontier between the cell and its environment. Therefore, S-layers are crucial for supporting microbial life. Notwithstanding their importance, little is known about archaeal S-layers at the atomic level. Here, we combined single-particle cryo electron microscopy, cryo electron tomography, and Alphafold2 predictions to generate an atomic model of the two-component S-layer of . The outer component of this S-layer (SlaA) is a flexible, highly glycosylated, and stable protein. Together with the inner and membrane-bound component (SlaB), they assemble into a porous and interwoven lattice. We hypothesise that jackknife-like conformational changes in SlaA play important roles in S-layer assembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 253.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14635MC ![]() 8an2C ![]() 8an3C ![]() 8qoxC ![]() 8qp0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 151078.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: slaA, slp1, Saci_2355 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4J6E5 |
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-糖 , 8種, 20分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/YZT.gif)
![](data/chem/img/YZT.gif)
#2: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 812.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 多糖 | #4: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1137.028 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 #5: 多糖 | 6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6) ...6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 974.887 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #8: 糖 | ChemComp-NAG / | #9: 糖 | ChemComp-YZT / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 細胞内の位置: Surface layer |
緩衝液 | pH: 3.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Grid type: lacey with graphene oxide Blotting paper: Whatman 597 |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 59.12 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66040 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %
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