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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zcw | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / Microtubule / Enzyme / Complex / Detyrosination | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / syncytium formation by plasma membrane fusion / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / peptidase activator activity ...cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / syncytium formation by plasma membrane fusion / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / peptidase activator activity / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / embryonic brain development / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Kinesins / Hedgehog 'off' state / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / positive regulation of axon guidance / negative regulation of endothelial cell migration / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / labyrinthine layer blood vessel development / intercellular bridge / axon development / cytoplasmic microtubule / Recycling pathway of L1 / microtubule-based process / RHOH GTPase cycle / protein secretion / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of angiogenesis / cellular response to interleukin-4 / COPI-mediated anterograde transport / metallocarboxypeptidase activity / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / negative regulation of protein ubiquitination / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / positive regulation of endothelial cell proliferation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / neuron migration / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / PKR-mediated signaling / cerebral cortex development / mitotic spindle / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / Aggrephagy / HCMV Early Events / positive regulation of angiogenesis / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / apical part of cell / mitotic cell cycle / actin binding / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Choi, S.R. / Blum, T. / Steinmetz, M.O. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2023 タイトル: VASH1-SVBP and VASH2-SVBP generate different detyrosination profiles on microtubules. 著者: Sacnicte Ramirez-Rios / Sung Ryul Choi / Chadni Sanyal / Thorsten B Blum / Christophe Bosc / Fatma Krichen / Eric Denarier / Jean-Marc Soleilhac / Béatrice Blot / Carsten Janke / Virginie ...著者: Sacnicte Ramirez-Rios / Sung Ryul Choi / Chadni Sanyal / Thorsten B Blum / Christophe Bosc / Fatma Krichen / Eric Denarier / Jean-Marc Soleilhac / Béatrice Blot / Carsten Janke / Virginie Stoppin-Mellet / Maria M Magiera / Isabelle Arnal / Michel O Steinmetz / Marie-Jo Moutin / 要旨: The detyrosination/tyrosination cycle of α-tubulin is critical for proper cell functioning. VASH1-SVBP and VASH2-SVBP are ubiquitous enzymes involved in microtubule detyrosination, whose mode of ...The detyrosination/tyrosination cycle of α-tubulin is critical for proper cell functioning. VASH1-SVBP and VASH2-SVBP are ubiquitous enzymes involved in microtubule detyrosination, whose mode of action is little known. Here, we show in reconstituted systems and cells that VASH1-SVBP and VASH2-SVBP drive the global and local detyrosination of microtubules, respectively. We solved the cryo-electron microscopy structure of VASH2-SVBP bound to microtubules, revealing a different microtubule-binding configuration of its central catalytic region compared to VASH1-SVBP. We show that the divergent mode of detyrosination between the two enzymes is correlated with the microtubule-binding properties of their disordered N- and C-terminal regions. Specifically, the N-terminal region is responsible for a significantly longer residence time of VASH2-SVBP on microtubules compared to VASH1-SVBP. We suggest that this VASH region is critical for microtubule detachment and diffusion of VASH-SVBP enzymes on lattices. Our results suggest a mechanism by which VASH1-SVBP and VASH2-SVBP could generate distinct microtubule subpopulations and confined areas of detyrosinated lattices to drive various microtubule-based cellular functions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zcw.cif.gz | 937.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zcw.ent.gz | 779.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zcw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zcw_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zcw_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zcw_validation.xml.gz | 79.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zcw_validation.cif.gz | 121.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zcw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14634MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFGHCD
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Hela / 参照: UniProt: P68363 #2: タンパク質 | 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q9BVA1 #3: タンパク質 | | 分子量: 40488.914 Da / 分子数: 1 / Mutation: C158A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VASH2, VASHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86V25, tubulinyl-Tyr carboxypeptidase #4: タンパク質 | | 分子量: 8780.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Recombinant C-terminal his6-tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SVBP, CCDC23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N300 |
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-非ポリマー , 3種, 12分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-G2P / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: VASH2-SVBP complex bound to the microtubule / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.38 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Mixture of VASH2-SVBP and microtubules | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3345 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 153041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96922 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 54.76 / プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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