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万見
- PDB-7zch: CHMP2A-CHMP3 heterodimer (410 Angstrom diameter) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zch
タイトルCHMP2A-CHMP3 heterodimer (410 Angstrom diameter)
要素
  • Charged multivesicular body protein 2a
  • Charged multivesicular body protein 3
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Cryo Electron Microscopy / Helical Reconstruction / Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament / Negative-curvature membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of centriole elongation / regulation of endosome size / membrane invagination / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule ...negative regulation of centriole elongation / regulation of endosome size / membrane invagination / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / nuclear membrane reassembly / membrane coat / multivesicular body sorting pathway / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / midbody abscission / positive regulation of exosomal secretion / suppression of viral release by host / regulation of centrosome duplication / membrane fission / late endosome to vacuole transport / multivesicular body assembly / phosphatidylcholine binding / multivesicular body membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / plasma membrane repair / exit from mitosis / regulation of mitotic spindle assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / molecular function inhibitor activity / regulation of early endosome to late endosome transport / mitotic metaphase chromosome alignment / Lysosome Vesicle Biogenesis / Macroautophagy / nucleus organization / positive regulation of cytokinesis / viral budding via host ESCRT complex / ubiquitin-specific protease binding / autophagosome membrane / viral release from host cell / protein polymerization / Pyroptosis / autophagosome maturation / nuclear pore / multivesicular body / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / viral budding from plasma membrane / HCMV Late Events / macroautophagy / establishment of protein localization / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / protein homooligomerization / kinetochore / autophagy / late endosome / nuclear envelope / protein transport / cytoplasmic vesicle / midbody / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / early endosome / protein domain specific binding / lysosomal membrane / apoptotic process / chromatin / extracellular exosome / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Charged multivesicular body protein 2a / Charged multivesicular body protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Azad, K. / Desfosses, A. / Effantin, G. / Schoehn, G. / Weissenhorn, W.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-14-CE09-0003-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0002-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of CHMP2A-CHMP3 ESCRT-III polymer assembly and membrane cleavage.
著者: Kimi Azad / Delphine Guilligay / Cecile Boscheron / Sourav Maity / Nicola De Franceschi / Guidenn Sulbaran / Gregory Effantin / Haiyan Wang / Jean-Philippe Kleman / Patricia Bassereau / Guy ...著者: Kimi Azad / Delphine Guilligay / Cecile Boscheron / Sourav Maity / Nicola De Franceschi / Guidenn Sulbaran / Gregory Effantin / Haiyan Wang / Jean-Philippe Kleman / Patricia Bassereau / Guy Schoehn / Wouter H Roos / Ambroise Desfosses / Winfried Weissenhorn /
要旨: The endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) is a highly conserved protein machinery that drives a divers set of physiological and pathological membrane remodeling processes. However, ...The endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) is a highly conserved protein machinery that drives a divers set of physiological and pathological membrane remodeling processes. However, the structural basis of ESCRT-III polymers stabilizing, constricting and cleaving negatively curved membranes is yet unknown. Here we present cryo-EM structures of membrane-coated CHMP2A-CHMP3 filaments from Homo sapiens of two different diameters at 3.3 and 3.6 Å resolution. The structures reveal helical filaments assembled by CHMP2A-CHMP3 heterodimers in the open ESCRT-III conformation, which generates a partially positive charged membrane interaction surface, positions short N-terminal motifs for membrane interaction and the C-terminal VPS4 target sequence toward the tube interior. Inter-filament interactions are electrostatic, which may facilitate filament sliding upon VPS4-mediated polymer remodeling. Fluorescence microscopy as well as high-speed atomic force microscopy imaging corroborate that VPS4 can constrict and cleave CHMP2A-CHMP3 membrane tubes. We therefore conclude that CHMP2A-CHMP3-VPS4 act as a minimal membrane fission machinery.
履歴
登録2022年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Charged multivesicular body protein 2a
A: Charged multivesicular body protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7352
ポリマ－35,7352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4070 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22440 Å2

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要素

#1: タンパク質 Charged multivesicular body protein 2a / Chromatin-modifying protein 2a / CHMP2a / Putative breast adenocarcinoma marker BC-2 / Vacuolar ...Chromatin-modifying protein 2a / CHMP2a / Putative breast adenocarcinoma marker BC-2 / Vacuolar protein sorting-associated protein 2-1 / Vps2-1 / hVps2-1


分子量: 17305.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHMP2A, BC2, CHMP2 / プラスミド: pMAL-c5X / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O43633
#2: タンパク質 Charged multivesicular body protein 3 / Chromatin-modifying protein 3 / Neuroendocrine differentiation factor / Vacuolar protein sorting- ...Chromatin-modifying protein 3 / Neuroendocrine differentiation factor / Vacuolar protein sorting-associated protein 24 / hVps24


分子量: 18429.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHMP3, CGI149, NEDF, VPS24, CGI-149 / プラスミド: pProEX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3E7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (410 Angstrom Diameter) cryo-EM map
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTrisC4H11NO31
225 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMBeta-mercaptoethanolC2H6OS1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 24 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 5028
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
13RELION3分類
14RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 57.049 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.44 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 89122
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11396 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6TZ4

6tz4


Accession code: 6TZ4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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