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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zc2 | ||||||
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タイトル | Dipeptide and tripeptide Permease C (DtpC) | ||||||
要素 | Amino acid/peptide transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / Peptide transporter / Proton coupled oligopeptide transporter / POT / MFS / DtpC. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å | ||||||
データ登録者 | Killer, M. / Finocchio, G. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Loew, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM Structure of an Atypical Proton-Coupled Peptide Transporter: Di- and Tripeptide Permease C. 著者: Maxime Killer / Giada Finocchio / Haydyn D T Mertens / Dmitri I Svergun / Els Pardon / Jan Steyaert / Christian Löw / 要旨: Proton-coupled Oligopeptide Transporters (POTs) of the Major Facilitator Superfamily (MFS) mediate the uptake of short di- and tripeptides in all phyla of life. POTs are thought to constitute the ...Proton-coupled Oligopeptide Transporters (POTs) of the Major Facilitator Superfamily (MFS) mediate the uptake of short di- and tripeptides in all phyla of life. POTs are thought to constitute the most promiscuous class of MFS transporters, with the potential to transport more than 8400 unique substrates. Over the past two decades, transport assays and biophysical studies have shown that various orthologues and paralogues display differences in substrate selectivity. The genome codes for four different POTs, known as Di- and tripeptide permeases A-D (DtpA-D). DtpC was shown previously to favor positively charged peptides as substrates. In this study, we describe, how we determined the structure of the 53 kDa DtpC by cryogenic electron microscopy (cryo-EM), and provide structural insights into the ligand specificity of this atypical POT. We collected and analyzed data on the transporter fused to split superfolder GFP (split sfGFP), in complex with a 52 kDa Pro-macrobody and with a 13 kDa nanobody. The latter sample was more stable, rigid and a significant fraction dimeric, allowing us to reconstruct a 3D volume of DtpC at a resolution of 2.7 Å. This work provides a molecular explanation for the selectivity of DtpC, and highlights the value of small and rigid fiducial markers such as nanobodies for structure determination of low molecular weight integral membrane proteins lacking soluble domains. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zc2.cif.gz | 163.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zc2.ent.gz | 128.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zc2_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zc2_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zc2_validation.xml.gz | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zc2_validation.cif.gz | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zc2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14618MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53090.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: dtpD_2, dtpC, dtpD_1, yjdL, AM464_14395, AT845_002896, AWP93_17895, BANRA_02817, BGZ_01664, BGZ_05066, BJI68_16865, BJJ90_24000, BO068_004094, BON64_05130, BON69_04615, BON71_15930, BON73_ ...遺伝子: dtpD_2, dtpC, dtpD_1, yjdL, AM464_14395, AT845_002896, AWP93_17895, BANRA_02817, BGZ_01664, BGZ_05066, BJI68_16865, BJJ90_24000, BO068_004094, BON64_05130, BON69_04615, BON71_15930, BON73_07300, BON74_00740, BON75_25330, BON77_18065, BON80_13570, BON89_26025, BON93_12630, BON97_19640, BvCmsF30A_02788, BvCmsHHP019_00793, BvCmsHHP056_00023, BvCmsKKP061_00271, C2U48_11920, C3F40_14675, C5N07_06940, C5Y87_09615, CA593_05175, CG831_003409, CIG67_08950, COD53_12960, CWS33_03315, D0X26_12710, D9D77_08965, DAH17_08915, DAH18_16490, DAH34_18055, DAH35_18055, DAH36_09805, DAH37_06440, DEN87_12425, DEO12_13910, DEO20_13520, DXT71_14295, DXT73_07155, E0I42_01290, E2119_15085, E2121_02870, E2122_03065, E2131_09650, E2135_09870, E4K51_08850, E5M02_11420, E5P26_01815, E5P27_12215, E5P28_03135, E5P29_19355, E5P31_11330, E5P32_03320, E5P33_11435, E5P35_07320, E5P36_20530, E5P40_16720, E5S34_00615, E5S35_05230, E5S36_08360, E5S37_06350, E5S42_15010, E5S43_14690, E5S45_06265, E5S51_06500, E5S54_12820, E5S57_19065, EC1094V2_4123, EC3234A_78c00250, EI021_09455, EIZ93_10840, EL79_4257, EL80_4164, ELT20_09370, ELT41_02450, ELV08_11600, ELY39_09460, ERS139208_00804, EYV17_05270, EYV18_19620, F2N31_14570, F9V24_13955, F9X20_06665, FDM60_18295, FOI11_014975, FOI11_20705, FQ007_15450, FQF29_19850, FV293_00630, G5632_13435, GF699_20045, GIB53_13155, GKF89_08690, GKG12_11445, GNZ05_19605, GP662_06300, GQF59_12650, GRW05_17855, GRW57_10485, GRW81_08175, H0O72_04690, HHH44_003360, HMV95_08810, HNC36_09415, HV109_21715, HVY77_23340, HX136_22920, I6H02_16470, IH768_20930, IH772_00050, J0541_004579, J4S20_000461, JFD_00784, JNP96_02330, NCTC10429_06294, NCTC11126_02220, NCTC11181_01802, NCTC13216_02261, NCTC8008_04125, NCTC9037_04624, NCTC9045_05367, NCTC9073_04059, PGD_03312, SAMEA3472067_03850, SAMEA3472080_00141, SAMEA3752557_02097, WP2S18E08_44130, WR15_07240 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8TWZ0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dipeptide and tripeptide permease C (DtpC) / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 75 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 24333 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6464070 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 878428 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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