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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z90 | ||||||
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タイトル | Leishmania RNA virus 1 virion | ||||||
要素 | Capsid protein,Major capsid protein | ||||||
キーワード | VIRUS / virion / full particle | ||||||
機能・相同性 | Totivirus coat / Totivirus coat protein / Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leishmania RNA virus 1 - 4 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å | ||||||
データ登録者 | Prochazkova, M. / Plevka, P. | ||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2022 タイトル: Virion structure of Leishmania RNA virus 1. 著者: Michaela Procházková / Tibor Füzik / Danyil Grybchuk / Vyacheslav Yurchenko / Pavel Plevka / 要旨: The presence of Leishmania RNA virus 1 (LRV1) enables Leishmania protozoan parasites to cause more severe disease than the virus-free strains. The structure of LRV1 virus-like particles has been ...The presence of Leishmania RNA virus 1 (LRV1) enables Leishmania protozoan parasites to cause more severe disease than the virus-free strains. The structure of LRV1 virus-like particles has been determined previously, however, the structure of the LRV1 virion has not been characterized. Here we used cryo-electron microscopy and single-particle reconstruction to determine the structures of the LRV1 virion and empty particle isolated from Leishmania guyanensis to resolutions of 4.0 Å and 3.6 Å, respectively. The capsid of LRV1 is built from sixty dimers of capsid proteins organized with icosahedral symmetry. RNA genomes of totiviruses are replicated inside the virions by RNA polymerases expressed as C-terminal extensions of a sub-population of capsid proteins. Most of the virions probably contain one or two copies of the RNA polymerase, however, the location of the polymerase domains in LRV1 capsid could not be identified, indicating that it varies among particles. Importance. Every year over 200 000 people contract leishmaniasis and more than five hundred people die of the disease. The mucocutaneous form of leishmaniasis produces lesions that can destroy the mucous membranes of the nose, mouth, and throat. Leishmania parasites carrying Leishmania RNA virus 1 (LRV1) are predisposed to cause aggravated symptoms in the mucocutaneous form of leishmaniasis. Here, we present the structure of the LRV1 virion determined using cryo-electron microscopy. #1: ジャーナル: J Virol / 年: 2021 タイトル: Capsid Structure of Leishmania RNA virus 1 著者: Prochazkova, M. / Fuzik, T. / Grybchuk, D. / Falginella, F.L. / Podesvova, L. / Yurchenko, V. / Vacha, R. / Plevka, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z90.cif.gz | 218.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z90.ent.gz | 177.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z90.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z90_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z90_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z90_validation.xml.gz | 62.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z90_validation.cif.gz | 89.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z90 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14566MC 7ns2C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
2 |
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3 |
| x 5
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86431.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania RNA virus 1 - 4 (ウイルス) / 参照: UniProt: L7XUU7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Leishmania RNA virus 1 - 4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 9.72 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Leishmania RNA virus 1 - 4 (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Leishmania guyanensis / 株: MHOM/BR/75/M4147 |
ウイルス殻 | 名称: capsid / 直径: 420 nm / 三角数 (T数): 2 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.98 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4542 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 7284 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1156 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 75 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7SN2 PDB chain-ID: A | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.88 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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