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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z8q | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase core | ||||||
![]() | (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding ...Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å | ||||||
![]() | Brodolin, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization 著者: Morichaud, Z. / Trapani, S. / Vishwakarma, R.K. / Chaloin, L. / Lionne, C. / Lai-Kee-Him, J. / Bron, P. / Brodolin, K. #1: ![]() タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization 著者: Morichaud, Z. / Trapani, S. / Vishwakarma, R. / Chaloin, L. / Lionne, C. / Lai-Kee-Him, J. / Bron, P. / Brodolin, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 507.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 407.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 819.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 819.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 74.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 115.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14560MC ![]() 7q4uC ![]() 7q59C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 abcde
#1: タンパク質 | 分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoA, Rv3457c, MTCY13E12.10c / プラスミド: pMR4 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 129602.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: L2E3G4C5 -> V 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoB, Rv0667, MTCI376.08c / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 147438.344 Da / 分子数: 1 / Mutation: contains C-terminal 6xHis-tag / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoC, Rv0668, MTCI376.07c / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 11851.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoZ, Rv1390, MTCY21B4.07 / プラスミド: pMR4 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: DNA-dependent RNA polymerase core / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 7000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49.6 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3064 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 721752 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55008 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7PP4 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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