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- PDB-7z38: Structure of the RAF1-HSP90-CDC37 complex (RHC-I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z38
タイトルStructure of the RAF1-HSP90-CDC37 complex (RHC-I)
要素
  • Heat shock protein HSP 90-beta
  • Hsp90 co-chaperone Cdc37
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / RAF1-HSP90-CDC37 / complex / proto-oncogene / serine/threonine kinase / cancer / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / HSP90-CDC37 chaperone complex / receptor ligand inhibitor activity / death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / Aryl hydrocarbon receptor signalling / : / aryl hydrocarbon receptor complex / intermediate filament cytoskeleton organization / dynein axonemal particle ...regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / HSP90-CDC37 chaperone complex / receptor ligand inhibitor activity / death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / Aryl hydrocarbon receptor signalling / : / aryl hydrocarbon receptor complex / intermediate filament cytoskeleton organization / dynein axonemal particle / histone methyltransferase binding / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / ATP-dependent protein binding / Rap1 signalling / positive regulation of protein localization to cell surface / regulation of cell motility / protein kinase regulator activity / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / protein folding chaperone complex / Negative feedback regulation of MAPK pathway / telomerase holoenzyme complex assembly / post-transcriptional regulation of gene expression / Respiratory syncytial virus genome replication / Uptake and function of diphtheria toxin / GP1b-IX-V activation signalling / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / IFNG signaling activates MAPKs / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / TPR domain binding / regulation of cell differentiation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / face development / pseudopodium / dendritic growth cone / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / The NLRP3 inflammasome / : / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / telomere maintenance via telomerase / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / chaperone-mediated protein complex assembly / MAP kinase kinase kinase activity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / HSF1 activation / Attenuation phase / type II interferon-mediated signaling pathway / RHOBTB2 GTPase cycle / protein targeting / negative regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to interleukin-4 / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / axonal growth cone / Schwann cell development / DNA polymerase binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / supramolecular fiber organization / chaperone-mediated protein folding / Signaling by ERBB2 / heat shock protein binding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein folding chaperone / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to muscle stretch / nitric-oxide synthase regulator activity / myelination / CD209 (DC-SIGN) signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / ESR-mediated signaling / : / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of cell differentiation / ATP-dependent protein folding chaperone / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / peptide binding / wound healing / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Hsp90 protein binding
類似検索 - 分子機能
Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Cdc37 / Cdc37, N-terminal domain ...Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Cdc37 / Cdc37, N-terminal domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / C1-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Heat shock protein HSP 90-beta / Hsp90 co-chaperone Cdc37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Mesa, P. / Garcia-Alonso, S. / Barbacid, M. / Montoya, G.
資金援助 デンマーク, 4件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0030214 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0055061 デンマーク
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of the RAF1-HSP90-CDC37 complex reveals the basis of RAF1 regulation.
著者: Sara García-Alonso / Pablo Mesa / Laura de la Puente Ovejero / Gonzalo Aizpurua / Carmen G Lechuga / Eduardo Zarzuela / Clara M Santiveri / Manuel Sanclemente / Javier Muñoz / Mónica ...著者: Sara García-Alonso / Pablo Mesa / Laura de la Puente Ovejero / Gonzalo Aizpurua / Carmen G Lechuga / Eduardo Zarzuela / Clara M Santiveri / Manuel Sanclemente / Javier Muñoz / Mónica Musteanu / Ramón Campos-Olivas / Jorge Martínez-Torrecuadrada / Mariano Barbacid / Guillermo Montoya /
要旨: RAF kinases are RAS-activated enzymes that initiate signaling through the MAPK cascade to control cellular proliferation, differentiation, and survival. Here, we describe the structure of the full- ...RAF kinases are RAS-activated enzymes that initiate signaling through the MAPK cascade to control cellular proliferation, differentiation, and survival. Here, we describe the structure of the full-length RAF1 protein in complex with HSP90 and CDC37 obtained by cryoelectron microscopy. The reconstruction reveals a RAF1 kinase with an unfolded N-lobe separated from its C-lobe. The hydrophobic core of the N-lobe is trapped in the HSP90 dimer, while CDC37 wraps around the chaperone and interacts with the N- and C-lobes of the kinase. The structure indicates how CDC37 can discriminate between the different members of the RAF family. Our structural analysis also reveals that the folded RAF1 assembles with 14-3-3 dimers, suggesting that after folding RAF1 follows a similar activation as B-RAF. Finally, disruption of the interaction between CDC37 and the DFG segment of RAF1 unveils potential vulnerabilities in attempting the pharmacological degradation of RAF1 for therapeutic purposes.
履歴
登録2022年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein HSP 90-beta
B: Heat shock protein HSP 90-beta
C: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
D: Hsp90 co-chaperone Cdc37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,7518
ポリマ－289,6884
非ポリマー1,0634
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area22190 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area78110 Å2

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein HSP 90-beta / HSP 90 / Heat shock 84 kDa / HSP 84 / HSP84


分子量: 84371.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal HA-tag + HSP90-beta / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AB1, HSP90B, HSPC2, HSPCB / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08238
#2: タンパク質 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 74409.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RAF1 + linker Gly-Ser-Ala + C-terminal StrepTagII / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAF1, RAF / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質 Hsp90 co-chaperone Cdc37 / Hsp90 chaperone protein kinase-targeting subunit / p50Cdc37


分子量: 46535.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CDC37 + C-terminal Myc-DDK tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC37, CDC37A / プラスミド: pCMV6 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16543
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RAF1-HSP90-CDC37 complex, RHC-I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.28913380 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F cells
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMtris bufferTris-HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
310 mMmagnesium chlorideMgCl21
410 mMpotassium chlorideKCl1
520 mMsodium molybdateNa2MoO41
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8138
詳細: 8138 images (4430 non-tilted and 3708 30 degrees tilted)
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20rc3_4406精密化
PHENIX1.20rc3_4406精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択blob picker protocol
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正patch CTF protocol
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10ISOLDEモデル精密化
11RELION3.1.3初期オイラー角割当
12RELION3.1.3最終オイラー角割当
14RELION3.1.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3760000
詳細: 3760k in total: 1353k RAF1:HSP90:CDC37 complex, 1127k 14-3-3 dimer, RAF1:14-3-3 complex 1245k
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 266000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 62.68 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004614507
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.571619501
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04162136
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00412492
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.47741901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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