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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z1n | ||||||
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タイトル | Structure of yeast RNA Polymerase III Delta C53-C37-C11 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / RNA synthesis / short RNAs / termination | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / nucleotidyltransferase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / ribosome biogenesis / peroxisome / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Girbig, M. / Mueller, C.W. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Architecture of the yeast Pol III pre-termination complex and pausing mechanism on poly(dT) termination signals. 著者: Mathias Girbig / Juanjuan Xie / Helga Grötsch / Domenico Libri / Odil Porrua / Christoph W Müller / 要旨: RNA polymerase (Pol) III is specialized to transcribe short, abundant RNAs, for which it terminates transcription on polythymine (dT) stretches on the non-template (NT) strand. When Pol III reaches ...RNA polymerase (Pol) III is specialized to transcribe short, abundant RNAs, for which it terminates transcription on polythymine (dT) stretches on the non-template (NT) strand. When Pol III reaches the termination signal, it pauses and forms the pre-termination complex (PTC). Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the yeast Pol III PTC and complementary functional states at resolutions of 2.7-3.9 Å. Pol III recognizes the poly(dT) termination signal with subunit C128 that forms a hydrogen-bond network with the NT strand and, thereby, induces pausing. Mutating key interacting residues interferes with transcription termination in vitro, impairs yeast growth, and causes global termination defects in vivo, confirming our structural results. Additional cryo-EM analysis reveals that C53-C37, a Pol III subcomplex and key termination factor, participates indirectly in Pol III termination. We propose a mechanistic model of Pol III transcription termination and rationalize why Pol III, unlike Pol I and Pol II, terminates on poly(dT) signals. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z1n.cif.gz | 876 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z1n.ent.gz | 697.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z1n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z1n_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z1n_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z1n_validation.xml.gz | 131.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z1n_validation.cif.gz | 200.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/7z1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/7z1n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase III subunit ... , 7種, 7分子 ABDGOPQ
#1: タンパク質 | 分子量: 162517.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04051, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 129629.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22276, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 18623.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47076 |
#7: タンパク質 | 分子量: 24349.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35718 |
#12: タンパク質 | 分子量: 74112.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32349 |
#13: タンパク質 | 分子量: 36174.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32910 |
#14: タンパク質 | 分子量: 27752.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17890 |
-DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK
#3: タンパク質 | 分子量: 37732.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07703 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 16167.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28000 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20434 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20435 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20436 |
#9: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22139 |
#11: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40422 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#15: RNA鎖 | 分子量: 7676.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 ST
#16: DNA鎖 | 分子量: 13428.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#17: DNA鎖 | 分子量: 13593.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 8分子
#18: 化合物 | ChemComp-ZN / #19: 化合物 | ChemComp-MG / | #20: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Yeast RNA Polymerase III Delta C53-C37-C11 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.635 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 39.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.0/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 359678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18530 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |