+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z03 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Endonuclease state of the E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) head complex bound to ADP and extended dsDNA | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / ABC-type ATPase / Nuclease (ヌクレアーゼ) / DNA repair (DNA修復) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA repair complex / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA複製 / DNA修復 ...DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA repair complex / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA複製 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Gut, F. / Kaeshammer, L. / Lammens, K. / Bartho, J. / van de Logt, E. / Kessler, B. / Hopfner, K.P. | |||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of endonucleolytic processing of blocked DNA ends and hairpins by Mre11-Rad50. 著者: Fabian Gut / Lisa Käshammer / Katja Lammens / Joseph D Bartho / Anna-Maria Boggusch / Erik van de Logt / Brigitte Kessler / Karl-Peter Hopfner / 要旨: DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability and are linked to tumorigenesis in humans. Repair of DSBs requires the removal of attached proteins and hairpins through a poorly understood ...DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability and are linked to tumorigenesis in humans. Repair of DSBs requires the removal of attached proteins and hairpins through a poorly understood but physiologically critical endonuclease activity by the Mre11-Rad50 complex. Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the bacterial Mre11-Rad50 homolog SbcCD bound to a protein-blocked DNA end and a DNA hairpin. The structures reveal that Mre11-Rad50 bends internal DNA for endonucleolytic cleavage and show how internal DNA, DNA ends, and hairpins are processed through a similar ATP-regulated conformational state. Furthermore, Mre11-Rad50 is loaded onto blocked DNA ends with Mre11 pointing away from the block, explaining the distinct biochemistries of 3' → 5' exonucleolytic and endonucleolytic incision through the way Mre11-Rad50 interacts with diverse DNA ends. In summary, our results unify Mre11-Rad50's enigmatic nuclease diversity within a single structural framework and reveal how blocked DNA ends and hairpins are processed. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z03.cif.gz | 366.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7z03.ent.gz | 274.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z03.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/7z03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/7z03 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 14403MC 7yzoC 7yzpC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Nuclease SbcCD subunit ... , 2種, 4分子 CDAB
#1: タンパク質 | 分子量: 118851.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: sbcC, rmuA, b0397, JW0387 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13458 #2: タンパク質 | 分子量: 45640.277 Da / 分子数: 2 / Mutation: H84Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: sbcD, yajA, b0398, JW0388 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG76 |
---|
-DNA鎖 , 2種, 2分子 EF
#3: DNA鎖 | 分子量: 37099.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: GenBank: 1825215262 |
---|---|
#4: DNA鎖 | 分子量: 36970.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: GenBank: 1825215262 |
-非ポリマー , 3種, 8分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MN / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of Mre11 dimer, Rad50 dimer and double-stranded DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 43.19 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57747 / 対称性のタイプ: POINT |