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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yrd | |||||||||
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タイトル | histone methyltransferase | |||||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / histone methyltransferase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H4K20me methyltransferase activity / [histone H4]-N-methyl-L-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 monomethyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / muscle organ development / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / heterochromatin / nucleosomal DNA binding / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin ...histone H4K20me methyltransferase activity / [histone H4]-N-methyl-L-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 monomethyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / muscle organ development / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / heterochromatin / nucleosomal DNA binding / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / heterochromatin formation / chromatin DNA binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / methylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Li, H. / Wang, W.Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Structural insight into H4K20 methylation on H2A.Z-nucleosome by SUV420H1. 著者: Li Huang / Youwang Wang / Haizhen Long / Haoqiang Zhu / Zengqi Wen / Liwei Zhang / Wenhao Zhang / Zhenqian Guo / Longge Wang / Fangyi Tang / Jie Hu / Keyan Bao / Ping Zhu / Guohong Li / Zheng Zhou / 要旨: DNA replication ensures the accurate transmission of genetic information during the cell cycle. Histone variant H2A.Z is crucial for early replication origins licensing and activation in which ...DNA replication ensures the accurate transmission of genetic information during the cell cycle. Histone variant H2A.Z is crucial for early replication origins licensing and activation in which SUV420H1 preferentially recognizes H2A.Z-nucleosome and deposits H4 lysine 20 dimethylation (H4K20me2) on replication origins. Here, we report the cryo-EM structures of SUV420H1 bound to H2A.Z-nucleosome or H2A-nucleosome and demonstrate that SUV420H1 directly interacts with H4 N-terminal tail, the DNA, and the acidic patch in the nucleosome. The H4 (1-24) forms a lasso-shaped structure that stabilizes the SUV420H1-nucleosome complex and precisely projects the H4K20 residue into the SUV420H1 catalytic center. In vitro and in vivo analyses reveal a crucial role of the SUV420H1 KR loop (residues 214-223), which lies close to the H2A.Z-specific residues D97/S98, in H2A.Z-nucleosome preferential recognition. Together, our findings elucidate how SUV420H1 recognizes nucleosomes to ensure site-specific H4K20me2 modification and provide insights into how SUV420H1 preferentially recognizes H2A.Z nucleosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yrd.cif.gz | 334.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yrd.ent.gz | 253 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yrd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yrd_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yrd_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yrd_validation.xml.gz | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yrd_validation.cif.gz | 67.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34053MC 7yrgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHK
#1: タンパク質 | 分子量: 12046.091 Da / 分子数: 2 / 変異: G2E,G70A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P84233 #2: タンパク質 | 分子量: 11265.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P62799 #4: タンパク質 | 分子量: 12091.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AZ1, H2AFZ, H2AZ 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P0C0S5 #5: タンパク質 | 分子量: 10607.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P02281 #6: タンパク質 | [ | 分子量: 32214.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KMT5B 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B7WNX0, [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase, [histone H4]-N-methyl-L-lysine20 N-methyltransferase |
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-DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ
#3: DNA鎖 | 分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#8: 化合物 | ChemComp-SAM / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: histone methyltransferase and nucleosome complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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