[日本語] English
万見
- PDB-7ypo: Cryo-EM structure of baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ypo
タイトルCryo-EM structure of baculovirus LEF-3 in complex with ssDNA
要素
  • DNA (28-MER)
  • Lef3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ssDNA / SSB / Baculovirus
機能・相同性Nucleopolyhedrovirus late expression factor 3 / Nucleopolyhedrovirus late expression factor 3 (LEF-3) / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / Lef3
機能・相同性情報
生物種Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yin, J. / Fu, Y. / Rao, G. / Li, Z. / Cao, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507200 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural transitions during the cooperative assembly of baculovirus single-stranded DNA-binding protein on ssDNA.
著者: Jiayi Yin / Yan Fu / Guibo Rao / Zhiqiang Li / Kexing Tian / Tingting Chong / Kai Kuang / Manli Wang / Zhihong Hu / Sheng Cao /
要旨: Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) interact with single-stranded DNA (ssDNA) to form filamentous structures with various degrees of cooperativity, as a result of intermolecular interactions ...Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) interact with single-stranded DNA (ssDNA) to form filamentous structures with various degrees of cooperativity, as a result of intermolecular interactions between neighboring SSB subunits on ssDNA. However, it is still challenging to perform structural studies on SSB-ssDNA filaments at high resolution using the most studied SSB models, largely due to the intrinsic flexibility of these nucleoprotein complexes. In this study, HaLEF-3, an SSB protein from Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, was used for in vitro assembly of SSB-ssDNA filaments, which were structurally studied at atomic resolution using cryo-electron microscopy. Combined with the crystal structure of ssDNA-free HaLEF-3 octamers, our results revealed that the three-dimensional rearrangement of HaLEF-3 induced by an internal hinge-bending movement is essential for the formation of helical SSB-ssDNA complexes, while the contacting interface between adjacent HaLEF-3 subunits remains basically intact. We proposed a local cooperative SSB-ssDNA binding model, in which, triggered by exposure to oligonucleotides, HaLEF-3 molecules undergo ring-to-helix transition to initiate continuous SSB-SSB interactions along ssDNA. Unique structural features revealed by the assembly of HaLEF-3 on ssDNA suggest that HaLEF-3 may represent a new class of SSB.
履歴
登録2022年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lef3
B: Lef3
C: Lef3
D: Lef3
Q: DNA (28-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,2765
ポリマ－199,2765
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "B"
d_2ens_1chain "D"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "A"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEULEUB1 - 327
d_21ens_1LEULEUD1 - 327
d_31ens_1LEULEUC1 - 327
d_41ens_1LEULEUA1 - 327

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.803402657221, -0.595435898114, 0.000511476546116), (0.595435618711, -0.803402799599, -0.000604621743237), (0.000770935179782, -0.000181203361437, 0.999999686412)132.746913488, 62.5804329749, 30.2015169865
2given(-0.31331662351, 0.949648297785, 0.00089663113366), (-0.949648351432, -0.313317194955, 0.000586487882342), (0.000837887170845, -0.000667727874898, 0.999999426042)23.0644005768, 123.07940926, 15.1288122223
3given(0.817681189045, -0.575671270064, -0.000248805713794), (0.575671153762, 0.81768120333, -0.000415266929683), (0.000442500996276, 0.000196325684512, 0.999999882825)40.8618324676, -22.5637313831, 45.287260335

-
要素

#1: タンパク質
Lef3


分子量: 47637.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91BW6
#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8724.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Baculovirus LEF-3 in complex with ssDNACOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2LEF-3COMPLEX#11RECOMBINANT
3ssDNACOMPLEX#21SYNTHETIC
由来(天然)生物種: Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 6.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -108.281 ° / 軸方向距離/サブユニット: 15.105 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 530580 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 51.02 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00411579
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55215744
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.5431713
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441772
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0021908
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0613602157971
ens_1d_3BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000625275800487
ens_1d_4BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0613740870943

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る