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万見
- PDB-7yoj: Structure of CasPi with guide RNA and target DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yoj
タイトルStructure of CasPi with guide RNA and target DNA
要素
  • CasPi
  • DNA (30-MER)
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
  • RNA (174-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / CasPi complex / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Reverse transcriptase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Armatimonadota bacterium (バクテリア)
Armatimonadetes bacterium (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Li, C.P. / Wang, J. / Liu, J.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: The compact Casπ (Cas12l) 'bracelet' provides a unique structural platform for DNA manipulation.
著者: Ao Sun / Cheng-Ping Li / Zhihang Chen / Shouyue Zhang / Dan-Yuan Li / Yun Yang / Long-Qi Li / Yuqian Zhao / Kaichen Wang / Zhaofu Li / Jinxia Liu / Sitong Liu / Jia Wang / Jun-Jie Gogo Liu /
要旨: CRISPR-Cas modules serve as the adaptive nucleic acid immune systems for prokaryotes, and provide versatile tools for nucleic acid manipulation in various organisms. Here, we discovered a new ...CRISPR-Cas modules serve as the adaptive nucleic acid immune systems for prokaryotes, and provide versatile tools for nucleic acid manipulation in various organisms. Here, we discovered a new miniature type V system, CRISPR-Casπ (Cas12l) (~860 aa), from the environmental metagenome. Complexed with a large guide RNA (~170 nt) comprising the tracrRNA and crRNA, Casπ (Cas12l) recognizes a unique 5' C-rich PAM for DNA cleavage under a broad range of biochemical conditions, and generates gene editing in mammalian cells. Cryo-EM study reveals a 'bracelet' architecture of Casπ effector encircling the DNA target at 3.4 Å resolution, substantially different from the canonical 'two-lobe' architectures of Cas12 and Cas9 nucleases. The large guide RNA serves as a 'two-arm' scaffold for effector assembly. Our study expands the knowledge of DNA targeting mechanisms by CRISPR effectors, and offers an efficient but compact platform for DNA manipulation.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年3月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Data processing / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_3d_reconstruction ...atom_site / em_3d_reconstruction / em_ctf_correction / em_image_processing / em_image_recording / em_single_particle_entity / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_mutation / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_d_res_high / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id
解説: Sequence discrepancy
詳細: In the first version, we uploaded an incorrect primary sequence in which A537 and A643 were mistakenly identified as D537 and E643, respectively. These sequence mistakes have already been corrected.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CasPi
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (30-MER)
B: RNA (174-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,0244
ポリマ－168,0244
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CasPi / Reverse transcriptase domain-containing protein


分子量: 98731.234 Da / 分子数: 1 / 変異: D537A, E643A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Armatimonadota bacterium (バクテリア)
遺伝子: DCC45_12200, EDM73_08925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A399WQY8
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 3688.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Armatimonadetes bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9192.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Armatimonadetes bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: RNA鎖 RNA (174-MER)


分子量: 56411.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Armatimonadetes bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CasPi / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.17728 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Armatimonadetes bacterium (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
画像処理
IDImage recording-ID
11
21
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING ONLY
22PHASE FLIPPING ONLY
対称性
IDImage processing-IDEntry-ID点対称性
117YOJC1 (非対称)
217YOJC1 (非対称)
317YOJC1 (非対称)
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12427YOJC1 (非対称)
12527YOJC1 (非対称)
12627YOJC1 (非対称)
12727YOJC1 (非対称)
12827YOJC1 (非対称)
3次元再構成

アルゴリズム: BACK PROJECTION / Entry-ID: 7YOJ / 粒子像の数: 39500 / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT

IDImage processing-ID
11
22
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
精密化最高解像度: 3.36 Å / 交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00912258
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.18717603
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.1843477
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462051
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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