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- PDB-7ymm: PSII-Pcb Tetramer of Acaryochloris Marina -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ymm
タイトルPSII-Pcb Tetramer of Acaryochloris Marina
要素
  • (High light inducible ...) x 4
  • (Photosystem II ...) x 14
  • Cytochrome b559 subunit alpha
  • Unknown protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem II / Pcb
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane ...photosystem / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) ...Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8CT / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL D / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 ...Chem-8CT / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL D / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-ZEX / Photosystem II protein D1 2 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II D2 protein 1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Y / High light inducible protein / High light inducible protein / High light inducible protein / Photosystem II protein PsbI / Photosystem II protein PsbT / High light inducible protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Shen, L.L. / Gao, Y.Z. / Wang, W.D. / Zhang, X. / Shen, J.R. / Wang, P.Y. / Han, G.Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesQYZDY-SSW-SMC003 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2015CB150100 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structure of a unique PSII-Pcb tetrameric megacomplex in a chlorophyll -containing cyanobacterium.
著者: Liangliang Shen / Yuanzhu Gao / Kailu Tang / Ruxi Qi / Lutang Fu / Jing-Hua Chen / Wenda Wang / Xiaomin Ma / Peiyao Li / Min Chen / Tingyun Kuang / Xing Zhang / Jian-Ren Shen / Peiyi Wang / Guangye Han /
要旨: is a unique cyanobacterium using chlorophyll (Chl ) as its major pigment and thus can use far-red light for photosynthesis. Photosystem II (PSII) of associates with a number of prochlorophyte Chl- ... is a unique cyanobacterium using chlorophyll (Chl ) as its major pigment and thus can use far-red light for photosynthesis. Photosystem II (PSII) of associates with a number of prochlorophyte Chl-binding (Pcb) proteins to act as the light-harvesting system. We report here the cryo-electron microscopic structure of a PSII-Pcb megacomplex from at a 3.6-angstrom overall resolution and a 3.3-angstrom local resolution. The megacomplex is organized as a tetramer consisting of two PSII core dimers flanked by sixteen symmetrically related Pcb proteins, with a total molecular weight of 1.9 megadaltons. The structure reveals the detailed organization of PSII core consisting of 15 known protein subunits and an unknown subunit, the assembly of 4 Pcb antennas within each PSII monomer, and possible pathways of energy transfer within the megacomplex, providing deep insights into energy transfer and dissipation mechanisms within the PSII-Pcb megacomplex involved in far-red light utilization.
履歴
登録2022年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Photosystem II protein D1 2
1B: Photosystem II CP47 reaction center protein
1C: Photosystem II CP43 reaction center protein
1D: Photosystem II D2 protein 1
1E: Cytochrome b559 subunit alpha
1F: Photosystem II protein Y
1H: Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH
1I: Photosystem II protein PsbI
1K: Photosystem II reaction center protein K
1L: Photosystem II reaction center protein L
1M: Photosystem II reaction center protein M
1T: Photosystem II reaction center protein T
1X: Photosystem II reaction center X protein
1Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
1Z: Photosystem II reaction center protein Z
12: High light inducible protein
1G: Unknown protein
11: High light inducible protein
13: High light inducible protein
14: High light inducible protein
2A: Photosystem II protein D1 2
2B: Photosystem II CP47 reaction center protein
2C: Photosystem II CP43 reaction center protein
2D: Photosystem II D2 protein 1
2E: Cytochrome b559 subunit alpha
2F: Photosystem II protein Y
2H: Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH
2I: Photosystem II protein PsbI
2K: Photosystem II reaction center protein K
2L: Photosystem II reaction center protein L
2M: Photosystem II reaction center protein M
2T: Photosystem II reaction center protein T
2X: Photosystem II reaction center X protein
2Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
2Z: Photosystem II reaction center protein Z
22: High light inducible protein
2G: Unknown protein
21: High light inducible protein
23: High light inducible protein
24: High light inducible protein
3A: Photosystem II protein D1 2
3B: Photosystem II CP47 reaction center protein
3C: Photosystem II CP43 reaction center protein
3D: Photosystem II D2 protein 1
3E: Cytochrome b559 subunit alpha
3F: Photosystem II protein Y
3H: Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH
3I: Photosystem II protein PsbI
3K: Photosystem II reaction center protein K
3L: Photosystem II reaction center protein L
3M: Photosystem II reaction center protein M
3T: Photosystem II reaction center protein T
3X: Photosystem II reaction center X protein
3Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
3Z: Photosystem II reaction center protein Z
32: High light inducible protein
3G: Unknown protein
31: High light inducible protein
33: High light inducible protein
34: High light inducible protein
4A: Photosystem II protein D1 2
4B: Photosystem II CP47 reaction center protein
4C: Photosystem II CP43 reaction center protein
4D: Photosystem II D2 protein 1
4E: Cytochrome b559 subunit alpha
4F: Photosystem II protein Y
4H: Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH
4I: Photosystem II protein PsbI
4K: Photosystem II reaction center protein K
4L: Photosystem II reaction center protein L
4M: Photosystem II reaction center protein M
4T: Photosystem II reaction center protein T
4X: Photosystem II reaction center X protein
4Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
4Z: Photosystem II reaction center protein Z
42: High light inducible protein
4G: Unknown protein
41: High light inducible protein
43: High light inducible protein
44: High light inducible protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,158,031704
ポリマ－1,650,17280
非ポリマー507,858624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Photosystem II ... , 14種, 56分子 1A2A3A4A1B2B3B4B1C2C3C4C1D2D3D4D1F2F3F4F1H2H3H4H1I2I3I4I1K2K...

#1: タンパク質
Photosystem II protein D1 2 / PSII D1 protein 2 / Photosystem II Q(B) protein 2


分子量: 39695.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: A5A8K9, photosystem II
#2: タンパク質
Photosystem II CP47 reaction center protein


分子量: 56518.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0CFM2
#3: タンパク質
Photosystem II CP43 reaction center protein


分子量: 53978.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C1V7
#4: タンパク質
Photosystem II D2 protein 1 / PSII D2 protein 1 / Photosystem Q(A) protein 1


分子量: 39291.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C1V6, photosystem II
#6: タンパク質
Photosystem II protein Y


分子量: 11277.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C2V2
#7: タンパク質
Photosystem II 10 kDa phosphoprotein PsbH


分子量: 7683.901 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0CDZ2
#8: タンパク質・ペプチド
Photosystem II protein PsbI


分子量: 3948.692 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C5R5
#9: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4939.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C6Z7
#10: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4254.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C6T1
#11: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3614.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0CFM0
#12: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein T


分子量: 5442.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C605
#13: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center X protein


分子量: 4443.303 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0BYW9
#14: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 4015.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
#15: タンパク質
Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6395.632 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C0S7

-
High light inducible ... , 4種, 16分子 12223242112131411323334314243444

#16: タンパク質
High light inducible protein / Light harvesting chlorophyll d-binding protein 2 (PcbA)


分子量: 38753.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C3E5
#18: タンパク質
High light inducible protein / Light harvesting chlorophyll d-binding protein 1 (PcbA)


分子量: 38612.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C576
#19: タンパク質
High light inducible protein / Light harvesting chlorophyll d-binding protein 3 (PcbA)


分子量: 38707.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C6I0
#20: タンパク質
High light inducible protein / Light harvesting chlorophyll d-binding protein 4 (PcbC)


分子量: 37967.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C3E6

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 16分子 1E2E3E4E1G2G3G4G

#17: タンパク質・ペプチド
Unknown protein


分子量: 3507.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
#27: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: タンパク質
Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V / PsbE


分子量: 9495.788 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
参照: UniProt: B0C6T2

-
非ポリマー , 11種, 616分子

#21: 化合物...
ChemComp-CL7 / CHLOROPHYLL D


分子量: 895.462 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A


分子量: 871.200 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物...
ChemComp-8CT / (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene


分子量: 536.873 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物...
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物...
ChemComp-ZEX / (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSII-Pcb Tetramer of Acaryochloris Marina / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 132346 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00871866
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.055100892
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.0823108
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0919290
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00512792

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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