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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ymi | ||||||||||||
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タイトル | PSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem II / Pcb | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane ...photosystem / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / manganese ion binding / protein stabilization / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shen, L.L. / Gao, Y.Z. / Wang, W.D. / Zhang, X. / Shen, J.R. / Wang, P.Y. / Han, G.Y. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of a large photosystem II supercomplex from Acaryochloris marina. 著者: Shen, L.L. / Gao, Y.Z. / Wang, W.D. / Zhang, X. / Shen, J.R. / Wang, P.Y. / Han, G.Y. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ymi.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ymi.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ymi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ymi_validation.pdf.gz | 15.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ymi_full_validation.pdf.gz | 16.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ymi_validation.xml.gz | 335.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ymi_validation.cif.gz | 421.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ymi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ymi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33929MC 7ymmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem II ... , 14種, 28分子 AaBbCcDdFfHhIiKkLlMmTtXxYyZz
#1: タンパク質 | 分子量: 39695.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: A5A8K9, photosystem II #2: タンパク質 | 分子量: 56518.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0CFM2 #3: タンパク質 | 分子量: 53978.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C1V7 #4: タンパク質 | 分子量: 39291.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C1V6, photosystem II #6: タンパク質 | 分子量: 11277.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C2V2 #7: タンパク質 | 分子量: 7683.901 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0CDZ2 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3948.692 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C5R5 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4939.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C6Z7 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4254.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C6T1 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3614.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0CFM0 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5442.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C605 #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4443.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0BYW9 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4015.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) #15: タンパク質 | 分子量: 6395.632 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C0S7 |
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-High light inducible ... , 4種, 8分子 26153748
#16: タンパク質 | 分子量: 38753.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C3E5 #18: タンパク質 | 分子量: 38612.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C576 #19: タンパク質 | 分子量: 38707.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C6I0 #20: タンパク質 | 分子量: 37967.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C3E6 |
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-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 8分子 EeGg
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3507.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) #27: 糖 | ChemComp-DGD / #5: タンパク質 | 分子量: 9495.788 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) 参照: UniProt: B0C6T2 |
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-非ポリマー , 11種, 308分子
#21: 化合物 | ChemComp-CL7 / #22: 化合物 | ChemComp-PHO / #23: 化合物 | ChemComp-8CT / ( #24: 化合物 | ChemComp-SQD / #25: 化合物 | ChemComp-LHG / #26: 化合物 | ChemComp-LMG / #28: 化合物 | #29: 化合物 | #30: 化合物 | #31: 化合物 | #32: 化合物 | ChemComp-ZEX / ( |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PSII-Pcb Dimer of Acaryochloris Marina / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 132346 / 対称性のタイプ: POINT |