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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ylu | ||||||
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タイトル | yeast TRiC-plp2-substrate complex at S1 TRiC-NPP state | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / TRiC/CCT / phosducin-like protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of chaperone-mediated protein folding / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / response to pheromone / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / chaperonin-containing T-complex / negative regulation of signal transduction / protein folding chaperone / Neutrophil degranulation ...negative regulation of chaperone-mediated protein folding / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / response to pheromone / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / chaperonin-containing T-complex / negative regulation of signal transduction / protein folding chaperone / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / unfolded protein binding / protein folding / actin binding / actin cytoskeleton organization / regulation of cell cycle / positive regulation of gene expression / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.55 Å | ||||||
データ登録者 | Han, W.Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structural basis of plp2-mediated cytoskeletal protein folding by TRiC/CCT. 著者: Wenyu Han / Mingliang Jin / Caixuan Liu / Qiaoyu Zhao / Shutian Wang / Yifan Wang / Yue Yin / Chao Peng / Yanxing Wang / Yao Cong / 要旨: The cytoskeletal proteins tubulin and actin are the obligate substrates of TCP-1 ring complex/Chaperonin containing TCP-1 (TRiC/CCT), and their folding involves co-chaperone. Through cryo-electron ...The cytoskeletal proteins tubulin and actin are the obligate substrates of TCP-1 ring complex/Chaperonin containing TCP-1 (TRiC/CCT), and their folding involves co-chaperone. Through cryo-electron microscopy analysis, we present a more complete picture of TRiC-assisted tubulin/actin folding along TRiC adenosine triphosphatase cycle, under the coordination of co-chaperone plp2. In the open S1/S2 states, plp2 and tubulin/actin engaged within opposite TRiC chambers. Notably, we captured an unprecedented TRiC-plp2-tubulin complex in the closed S3 state, engaged with a folded full-length -tubulin and loaded with a guanosine triphosphate, and a plp2 occupying opposite rings. Another closed S4 state revealed an actin in the intermediate folding state and a plp2. Accompanying TRiC ring closure, plp2 translocation could coordinate substrate translocation on the CCT6 hemisphere, facilitating substrate stabilization and folding. Our findings reveal the folding mechanism of the major cytoskeletal proteins tubulin/actin under the coordination of the biogenesis machinery TRiC and plp2 and extend our understanding of the links between cytoskeletal proteostasis and related human diseases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ylu.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ylu.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ylu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ylu_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ylu_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ylu_validation.xml.gz | 186.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ylu_validation.cif.gz | 296 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7ylu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7ylu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33917MC 7ylvC 7ylwC 7ylxC 7ylyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-T-complex protein 1 subunit ... , 8種, 16分子 AaBbDdEeGgHhQqZz
#1: タンパク質 | 分子量: 60557.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TCP1, CCT1, YDR212W, YD8142.13, YD8142B.04 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12612 #2: タンパク質 | 分子量: 57276.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT2, BIN3, TCP2, YIL142W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39076 #3: タンパク質 | 分子量: 57682.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CCT4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39078 #4: タンパク質 | 分子量: 61995.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT5, TCP5, YJR064W, J1752 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40413 #5: タンパク質 | 分子量: 58889.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT3, BIN2, TCP3, YJL014W, J1336 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39077 #6: タンパク質 | 分子量: 59802.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CCT7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P42943 #7: タンパク質 | 分子量: 61735.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT8, YJL008C, J1374 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47079 #8: タンパク質 | 分子量: 59997.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCT6, TCP20, TCP6, YDR188W, YD9395.21 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39079 |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 P
#9: タンパク質 | 分子量: 32836.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PLP2, VIAF1, YOR281C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12017 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 38 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 4.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50513 / 対称性のタイプ: POINT |