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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yk5 | |||||||||
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タイトル | Rubisco from Phaeodactylum tricornutum bound to PYCO1(452-592) | |||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Rubisco / phase separation / rubisco linker protein / condensation / pyrenoid / phaeodactylum tricornutum | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å | |||||||||
![]() | Oh, Z.G. / Ang, W.S.L. / Bhushan, S. / Mueller-Cajar, O. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A linker protein from a red-type pyrenoid phase separates with Rubisco via oligomerizing sticker motifs. 著者: Zhen Guo Oh / Warren Shou Leong Ang / Cheng Wei Poh / Soak-Kuan Lai / Siu Kwan Sze / Hoi-Yeung Li / Shashi Bhushan / Tobias Wunder / Oliver Mueller-Cajar / ![]() 要旨: The slow kinetics and poor substrate specificity of the key photosynthetic CO-fixing enzyme Rubisco have prompted the repeated evolution of Rubisco-containing biomolecular condensates known as ...The slow kinetics and poor substrate specificity of the key photosynthetic CO-fixing enzyme Rubisco have prompted the repeated evolution of Rubisco-containing biomolecular condensates known as pyrenoids in the majority of eukaryotic microalgae. Diatoms dominate marine photosynthesis, but the interactions underlying their pyrenoids are unknown. Here, we identify and characterize the Rubisco linker protein PYCO1 from . PYCO1 is a tandem repeat protein containing prion-like domains that localizes to the pyrenoid. It undergoes homotypic liquid-liquid phase separation (LLPS) to form condensates that specifically partition diatom Rubisco. Saturation of PYCO1 condensates with Rubisco greatly reduces the mobility of droplet components. Cryo-electron microscopy and mutagenesis data revealed the sticker motifs required for homotypic and heterotypic phase separation. Our data indicate that the PYCO1-Rubisco network is cross-linked by PYCO1 stickers that oligomerize to bind to the small subunits lining the central solvent channel of the Rubisco holoenzyme. A second sticker motif binds to the large subunit. Pyrenoidal Rubisco condensates are highly diverse and tractable models of functional LLPS. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 838.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 714.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 125 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 189.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54244.527 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Plasmid details: Pt 1 8.6 CCMP 2561 / 参照: UniProt: E9PAI6, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 16039.053 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Plasmid details: Pt 1 8.6 CCMP 2561 / 参照: UniProt: A0A6B9XNC0 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 875.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pt 1 8.6 CCMP 2561 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 993.051 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pt 1 8.6 CCMP 2561 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #5: 糖 | ChemComp-CAP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Rubisco from Phaeodactylum tricornutum bound to linker protein PYCO1 タイプ: COMPLEX 詳細: Rubisco purified from source organism, PYCO1 purified from E. coli. Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 550 kDa/nm / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH 8.0 20 mM NaCl | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 0.5 mg/mL Rubisco incubated with 21.9 uM of PYCO1(452-592). | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotted for 2 sec with blot force of 1. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8861 詳細: Images were collected in movie mode at 10 frames per second. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 詳細: Gatan EF / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3354751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 259796 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: Coot was used for model building | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5MZ2 |