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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yjk | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the dimeric atSPT-ORM1 complex | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/INHIBITOR / ceramide / TRANSFERASE-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of serine C-palmitoyltransferase activity / regulation of sphingolipid biosynthetic process / multidimensional cell growth / leaf senescence / intracellular sphingolipid homeostasis / photomorphogenesis / serine C-palmitoyltransferase activity / pollen development / serine C-palmitoyltransferase / regulation of programmed cell death ...positive regulation of serine C-palmitoyltransferase activity / regulation of sphingolipid biosynthetic process / multidimensional cell growth / leaf senescence / intracellular sphingolipid homeostasis / photomorphogenesis / serine C-palmitoyltransferase activity / pollen development / serine C-palmitoyltransferase / regulation of programmed cell death / sphingosine biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / sphingolipid biosynthetic process / vacuole / response to endoplasmic reticulum stress / pyridoxal phosphate binding / response to oxidative stress / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / apoptotic process / endoplasmic reticulum / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Xie, T. / Liu, P. / Gong, X. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of sphingolipid homeostasis revealed by structural analysis of SPT-ORM1 complex. 著者: Peng Liu / Tian Xie / Xinyue Wu / Gongshe Han / Sita D Gupta / Zike Zhang / Jian Yue / Feitong Dong / Kenneth Gable / Somashekarappa Niranjanakumari / Wanyuan Li / Lin Wang / Wenchen Liu / ...著者: Peng Liu / Tian Xie / Xinyue Wu / Gongshe Han / Sita D Gupta / Zike Zhang / Jian Yue / Feitong Dong / Kenneth Gable / Somashekarappa Niranjanakumari / Wanyuan Li / Lin Wang / Wenchen Liu / Ruifeng Yao / Edgar B Cahoon / Teresa M Dunn / Xin Gong / ![]() ![]() 要旨: The serine palmitoyltransferase (SPT) complex catalyzes the first and rate-limiting step in sphingolipid biosynthesis in all eukaryotes. ORM/ORMDL proteins are negative regulators of SPT that respond ...The serine palmitoyltransferase (SPT) complex catalyzes the first and rate-limiting step in sphingolipid biosynthesis in all eukaryotes. ORM/ORMDL proteins are negative regulators of SPT that respond to cellular sphingolipid levels. However, the molecular basis underlying ORM/ORMDL-dependent homeostatic regulation of SPT is not well understood. We determined the cryo-electron microscopy structure of SPT-ORM1 complex, composed of LCB1, LCB2a, SPTssa, and ORM1, in an inhibited state. A ceramide molecule is sandwiched between ORM1 and LCB2a in the cytosolic membrane leaflet. Ceramide binding is critical for the ORM1-dependent SPT repression, and dihydroceramides and phytoceramides differentially affect this repression. A hybrid β sheet, formed by the amino termini of ORM1 and LCB2a and induced by ceramide binding, stabilizes the amino terminus of ORM1 in an inhibitory conformation. Our findings provide mechanistic insights into sphingolipid homeostatic regulation via the binding of ceramide to the SPT-ORM/ORMDL complex that may have implications for plant-specific processes such as the hypersensitive response for microbial pathogen resistance. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 389.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 319.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 68.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 101.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Long chain base biosynthesis protein ... , 2種, 4分子 AEBF
#1: タンパク質 | 分子量: 53207.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: LCB1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 54359.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: LCB2a, LCB2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 DHCG
#3: タンパク質 | 分子量: 18220.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 9442.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: At1g06515 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 4分子 ![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/Z1T.gif)
![](data/chem/img/Z1T.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SPT-ORM1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 159298 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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