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万見
- PDB-7yhq: CryoEM structure of Arabidopsis ROS1 in complex with a covalent-l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yhq
タイトルCryoEM structure of Arabidopsis ROS1 in complex with a covalent-linked reaction intermediate at 3.9 Angstroms resolution
要素
  • (DNA (40-MER)) x 2
  • Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ROS1 / DNA glycosylase / DNA demethylation / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA demethylase activity / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / : / DNA N-glycosylase activity / male sex determination / anatomical structure morphogenesis / defense response to fungus / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity ...DNA demethylase activity / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / : / DNA N-glycosylase activity / male sex determination / anatomical structure morphogenesis / defense response to fungus / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / neuron differentiation / base-excision repair / brain development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA repair / positive regulation of gene expression / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Permuted single zf-CXXC unit / Demeter, RRM-fold domain / DNA glycosylase, plant / RRM in Demeter / Permuted single zf-CXXC unit / Transcription factor SRY / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain ...Permuted single zf-CXXC unit / Demeter, RRM-fold domain / DNA glycosylase, plant / RRM in Demeter / Permuted single zf-CXXC unit / Transcription factor SRY / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / Sex-determining region Y protein / DNA glycosylase/AP lyase ROS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Du, X. / Du, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of the plant ROS1-mediated active DNA demethylation.
著者: Xuan Du / Zhenlin Yang / Guohui Xie / Changshi Wang / Laixing Zhang / Kaige Yan / Maojun Yang / Sisi Li / Jian-Kang Zhu / Jiamu Du /
要旨: Active DNA demethylation plays a crucial role in eukaryotic gene imprinting and antagonizing DNA methylation. The plant-specific REPRESSOR OF SILENCING 1/DEMETER (ROS1/DME) family of enzymes directly ...Active DNA demethylation plays a crucial role in eukaryotic gene imprinting and antagonizing DNA methylation. The plant-specific REPRESSOR OF SILENCING 1/DEMETER (ROS1/DME) family of enzymes directly excise 5-methyl-cytosine (5mC), representing an efficient DNA demethylation pathway distinct from that of animals. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of an Arabidopsis ROS1 catalytic fragment in complex with substrate DNA, mismatch DNA and reaction intermediate, respectively. The substrate 5mC is flipped-out from the DNA duplex and subsequently recognized by the ROS1 base-binding pocket through hydrophobic and hydrogen-bonding interactions towards the 5-methyl group and Watson-Crick edge respectively, while the different protonation states of the bases determine the substrate preference for 5mC over T:G mismatch. Together with the structure of the reaction intermediate complex, our structural and biochemical studies revealed the molecular basis for substrate specificity, as well as the reaction mechanism underlying 5mC demethylation by the ROS1/DME family of plant-specific DNA demethylases.
履歴
登録2022年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1
B: DNA (40-MER)
C: DNA (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1314
ポリマ－110,7803
非ポリマー3521
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1 / Testis-determining factor / DEMETER-like protein 1 / Protein REPRESSOR OF SILENCING 1 / Protein ROS1


分子量: 86261.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of residues 56 to 130 of database UNP Q05066, Linker, residues 511 to 1393 of database UNP Q9SJQ6, with deletion of residues 665-835 and 1074-1109.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SRY, TDF, ROS1, DML1, At2g36490, F1O11.12
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q05066, UniProt: Q9SJQ6, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12345.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12171.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1covalent-linked reaction intermediate of Arabidopsis ROS1 with dsDNACOMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2ROS1COMPLEX#11RECOMBINANT
3dsDNACOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
22Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)3702
33Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)3702
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 1.3467 sec. / 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84039 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0064254
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9425944
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.6681624
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051655
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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