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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ygd
タイトルCryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 6 undergoing the second-step self-splicing
要素
  • RNA (384-MER)
  • RNA (5'-R(*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*CP*G)-3')
キーワードRNA / Tetrahymena ribozyme / second step of self-splicing / conformation 1
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Li, S. / Michael, Z.P. / Zhang, X. / Greg, P. / Zhang, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Snapshots of the second-step self-splicing of Tetrahymena ribozyme revealed by cryo-EM.
著者: Shanshan Li / Michael Z Palo / Xiaojing Zhang / Grigore Pintilie / Kaiming Zhang /
要旨: Group I introns are catalytic RNAs that coordinate two consecutive transesterification reactions for self-splicing. To understand how the group I intron promotes catalysis and coordinates self- ...Group I introns are catalytic RNAs that coordinate two consecutive transesterification reactions for self-splicing. To understand how the group I intron promotes catalysis and coordinates self-splicing reactions, we determine the structures of L-16 Tetrahymena ribozyme in complex with a 5'-splice site analog product and a 3'-splice site analog substrate using cryo-EM. We solve six conformations from a single specimen, corresponding to different splicing intermediates after the first ester-transfer reaction. The structures reveal dynamics during self-splicing, including large conformational changes of the internal guide sequence and the J5/4 junction as well as subtle rearrangements of active-site metals and the hydrogen bond formed between the 2'-OH group of A261 and the N2 group of guanosine substrate. These results help complete a detailed structural and mechanistic view of this paradigmatic group I intron undergoing the second step of self-splicing.
履歴
登録2022年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*C)-3')
N: RNA (384-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8579
ポリマ－129,7123
非ポリマー1466
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*G)-3')


分子量: 911.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena (真核生物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*C)-3')


分子量: 1788.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena (真核生物)
#3: RNA鎖 RNA (384-MER)


分子量: 127011.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tetrahymena (真核生物)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
参照: GenBank: 10832
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 6 undergoing the second-step self-splicing
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.13 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Tetrahymena (真核生物)
由来(組換発現)生物種: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 52.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
12cryoSPARC2.3分類
13cryoSPARC2.3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 4255846
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57096 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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